El Chakra (チャクラ, Chakura) és l'energia vital del cos. És escencial per realitzar qualsevol jutsu, fins i tot pel més bàsic; és una barreja de l'energia física present a cada cèl·lula del cos d'un ésser viu i l'energia espiritual adquirida amb l'exercici i l'experiència. Pot ser canalitzada a través del sistema circulatori del chakra (que és semblant al de la sang) a qualsevol del 361 Punts de Chakra, també anomenats Tenketsu. A través de diferents mètodes (el més comú és el de segells manuals) el chakra pot ser manipulat per crear un efecte que no seria possible d'una altra manera, com caminar sobre l'aigua, escalar arbres sense utilitzar les mans, exhalar foc o crear il·lusions.