Mokuton (木遁, Element dřeva) je Kekkei Genkai, která umožňuje spojit Zemní a Vodní chakru a vytvořit tak dřevo. Uživatelova čakra se doslova změní v životní energii, ze které vyrostou stromy. Původní uživatel této kekkei genkai byl Hashirama Senju, který se díky tomu stal prvním hokagem, neboť pomocí mokutonu položil základy Skryté listové. Tenzo a Danzou jsou také shopní používat mokuton, ale pouze protože jim Orochimaru implantoval geny Prvního Hokageho.
Nejsilnější techniky[]
Mokuton: Mokujin no Jutsu
Uživatel vytvoří obrovského dřevěného humanoida s dřevěným drakem omotaným kolem těla. Humanoid má obrovskou sílu, a dokáže se rovnat i s Madarových perfektním Susanem.
Mokuton: Kajukai Korin (Živel dřevo - Zrození světa lesních květin)
Uživatel vytvoří hustý les kvetoucích stromů. Květy vypouštějí hustý pyl, po jehož nadechnutí upadne obět do bezvědomí.
Mokuton: Hotei no Jutsu
Uživatel vytvoří několik obrovských dřevěných rukou, které vylezou z pod země okolo nepřítele a útočí na něj. Velikost rukou je přibližně polovina ocasého démona. Hashirama tuto techniku použil v boji proti Madarovi, který ovládal Kyuubiho.
Senpou: Mokuton: Shin Susenju
Asi nejsilnější technika Mokutonu. Uživatel vytvoří obrovskou dřevěnou sochu Buddhy, která má několik tisíc rukou. Uživatel jí může libovolně řídit, a s rukami libovolně útočit. Nejsilnější útok této techniky je Chojo Kebutsu, kdy všechny ruce zaútočí najednou. Útok má obrovskou ničivou sílu, a dokázal prorazit i Madarovo Susano´o. K použití techniky musí uživatel být v Sennin módu.