Kapitel 1: Boruto (ボルト, Boruto)[]
Drei Jahre sind vergangen seit Borutos Flucht. Sarada steht im Büro des achten Hokages, Shikamaru Nara, und versucht zum wiederholten Male diesen zu überzeugen, dass Boruto kein Verbrecher ist und wie in Wahrheit alles abgelaufen ist. Es ist vergeblich - die Meinung, dass Boruto Naruto getötet und das Dorf betrogen hat, ist eine feste Erinnerung aller Bewohner von Konoha und damit kaum zu revidieren. Naruto und Hinata weilen derweil noch immer bewusstlos in der Welt von Kawakis Daikokuten. Sarada verlässt wütend das Büro des Hokages und berät sich mit Sumire, wie sie Eidas Jutsu Zennou, die Allmacht, wieder rückgängig machen können. Sie besuchen Eida, um vielleicht noch etwas Neues herauszufinden, doch diese kann nur wiederholen, was schon bekannt ist: Das Jutsu erfüllt in irgendeiner Weise den Wunsch einer Person, in diesem Falle Kawakis Wunsch, Boruto und er würden die Rollen tauschen. Und sie, Eida, weiß weiterhin nicht, wie man das Jutsu kontrolliert oder rückgängig macht. Eida ist jedoch schon länger überrascht, wie die beiden Mädchen dem Jutsu entkommen sein können und fragt sich, ob sie vielleicht auch ihrem Charme widerstehen können. Sichtlich nervös verneinen die beiden das und betonen, dass schließlich niemand ihrer Fähigkeit entkommen kann. Eida und Daimon scheinen zu zweifeln, lassen es aber erstmal auf sich beruhen. Kawaki und Mitsuki stehen währenddessen auf einem Balkon, doch Kawaki ist von der Anwesenheit Mitsukis genervt, da er ihm überall hin folgt. Als die Nachricht über Klauenspuren von Koodo eingeht, macht Kawaki sich auf den Weg. Mitsuki, der den Verräter Boruto immer noch töten will, bleibt mit schwärmenden Gedanken für Kawaki zurück. Andernorts trainiert Himawari mit Chouchou. Shikadai und Inojin kommen hinzu und fragen sie, warum sie so hart trainiert. Himawari gibt zu, dass sie damit Boruto helfen möchte, den sie für unschuldig hält. Sie glaubt auch, dass ihre Eltern noch am Leben sind. Hinter der Dorfgrenze lässt Kawaki gerade Klauenspuren verschwinden - eine davon im Nacken eines Shinobi. Er meldet das Shikamaru, doch bevor Maßnahmen getroffen werden können erscheinen aus den Spuren Koodos Juubi-Soldaten. Der Kampf beginnt. Vor Sarada erscheint plötzlich Koodo aus einem der Wesen. Dieser erklärt, dass die Suche nach Boruto langweilig geworden ist und er hofft, die Not seiner Freunde würde ihn herauslocken. Kaum hat er diese Worte gesprochen, erscheint aus dem Nichts Boruto, der dem Feind ins Gesicht stampft. Shikamaru gibt die Anweisung, nichts gegen ihn zu tun, nur zu beobachten. Doch auch Kawaki freut sich grimmig, seinen Bruder endlich wiederzusehen.
Kapitel 2: Baum (木, Ki)[]
Koodo bereut, dass er nicht schon früher nach Konoha gekommen ist, um Boruto anzulocken. Dieser weist ihn an, seine Kreaturen zurückzurufen, da er es sonst bereuen würde. Koodo ist belustigt über Borutos Aussage, da dieser vor zwei Jahren keine Chance gegen ihn hatte. Boruto schickt Sarada los, die anderen jugendlichen Shinobi zu unterstützen. Diesen kommt auch Kawaki zur Hilfe. Einer der Juubi-Soldaten zeigt ein Rin'negan, mit welchem er Kawaki angreift und ihn dabei Ootsutsuki nennt. Er kann den Feind vernichten, doch diese multiplizieren sich immer weiter. Auch Boruto ist nun von den Monstern umringt. Der zeigt nun seine neuen Fähigkeiten mit dem Kurzschwert. Er zerteilt die Kreaturen mühelos. Koodo würde alle verlieren, wenn er sie nicht zurückpfeift, erklärt Boruto. Für Koodo sind die Soldaten nur Werkzeuge und er hat noch viele mehr. Boruto will ihm klar machen, dass Koodo die Kontrolle über das Juubi verliert, wenn er nicht aufgibt, da er keine Ahnung von dessen Macht hat. Dieser erwidert, dass er sehr wohl weiß, wie man mit dem Juubi umgehen muss. Die Fütterung mit einem Ootsutsuki lässt den göttlichen Baum entstehen und die Welt wird vernichtet. Koodo behauptet, seine Ziele lägen darüber hinaus. Andernorts kämpfen die jungen Shinobi weiter gegen die Wesen. Als Sarada kurz unaufmerksam ist, wirft sich eine Junge, Soegi, zwischen sie und den Juubi-Soldaten. Soegi wird gebissen und zusammen mit der Kreatur verwandelt er sich in einen Baum. Dies geschieht nun auch an anderen Stellen. Boruto verlangt noch einmal, dass Koodo seine Aktion einstellt und ihn zum eigentlichen Juubi führt. Dafür lässt er ihn am Leben. Koodo ist amüsiert über Borutos Hochmut, denn schließlich ist dieser derjenige, der sterben wird. Boruto ist genervt davon und lässt, ohne dass Koodo wirklich beeindruckt ist, ein neues Rasengan entstehen - das Rasengan: "Uzuhiko".
Kapitel 3: Uzuhiko (渦彦, Uzuhiko)[]
Luftwirbel erscheinen um Borutos Körper, als er das Rasengan: "Uzuhiko" einsetzt. Koodo rätselt, was es mit dem neuen Jutsu auf sich hat und attackiert Boruto mithilfe seiner Krallenspuren von hinten. Dieser kann dem Angriff ausweichen, wird aber von Koodo am Arm gepackt. Durch die Berührung der beiden übertragen sich die Wirbel auf Koodo, der erschrocken zurückweicht. Boruto gibt ihm noch einmal die Chance, zu verraten, wo das Juubi ist, ansonsten würde er ihn töten. Der Feind ist immer noch amüsiert über Borutos Vertrauen in die neuen Fähigkeiten und greift erneut an. Er trifft ihn kein einziges Mal, wobei es scheint, als würde sich Boruto gar nicht bewegen. Dieser steht nun plötzlich neben Koodo, stößt ihm seine Hand in den Bauch und aktiviert sein neues Rasengan. Die Wirbel um ihn herum verstärken sich bis hin zu seiner Hand. Koodo wird weggeschleudert, kann sich aber auf den Beinen halten. Eida, die alles aus der Ferne verfolgt, wundert sich über dieses simple Jutsu. Ihr Bruder Daimon spürt jedoch, dass diese Attacke mehr ist, als es den Anschein hat. Er stellt fest, dass das Rasengan durch die Drehung des Planeten unterstützt wird. Diese Kraft bekommt auch Koodo nun zu spüren. Er bekommt Probleme mit der Koordination, da sich alles vor seinen Augen dreht. Koodo bricht zusammen und Boruto erklärt ihm, dass er nun die Gegenattacke des Planeten erlebt, den er versucht hat zu zerstören. Das Jutsu wird solange anhalten, bis die Erde aufhört sich zu drehen oder er das Jutsu auflöst. Das bedeutet, dass Koodo unter diesen Bedingungen langsam sterben wird. Boruto fragt ihn erneut nach dem Aufenthaltsort des Juubi, als Kawaki angreift. Auch die anderen Jugendlichen stoßen hinzu. Während eine Diskussion beginnt, versucht Koodo heimlich in seine Krallenspuren zu schlüpfen, doch Kawaki lässt diese verschwinden. Shikamaru gibt ihm den Auftrag, den geschwächten Koodo zu eliminieren. Boruto will das nicht zulassen. Auf einmal erscheint aus der Spur auf Koodos Kopf ein Juubi-Soldat, der aber schnell von Kawaki gestoppt wird. Koodo schafft es jedoch, wiederum schnell durch die Krallenspur auf dem Körper des Monsters zu entkommen. Die jungen Shinobi sollen die restlichen Krallenspuren in Konoha aufspüren, während Kawaki sich um Boruto kümmern will. Sarada untersucht den im Baum gefangenen Soegi und stellt fest, dass dieser noch am Leben ist. Die Kreaturen scheinen allgemein Lebewesen "aufzunehmen" und anschließend zum Baum zu werden - die höchste Form davon ist die Aufnahme eines Ootsutsuki. Während Boruto und Kawaki sich weiter anfeinden, schlüpft eine kleine Kröte aus Borutos Kragen, die ihm mitteilt, dass die Infiltration abgeschlossen ist. Eine weitere kleine Kröte, die sich in Koodos Tasche versteckt hat, kann nun berichten, das Juubi gefunden zu haben.
Kapitel 4: Erwachen (覚醒, Kakusei)[]
Boruto benutzt das Hiraishin no Jutsu seines Großvaters, um Koodo zu folgen. Als er am Versteck des Juubi ankommt, ist dieses, zur Verwunderung aller, verschwunden. Unvermittelt taucht eine Gestalt mit langem weißem Bart und Koodos Klauenspuren auf dem Dach des Verstecks auf. Der Mann hat zudem Rin'negan als Augen, beobachtet aber die beiden nur. Koodo erkennt Bagu in ihm wieder, dieser ist jedoch auch gleichzeitig in einem Baum gefangen. Boruto korrigiert ihn - der Mann ist nicht Bagu, sondern ein Juubi. Da greift es auch schon an und drückt Boruto an eine Felswand. Das Juubi fragt ihn, ob er sich bereitwillig selbst opfern will. Boruto setzt ein Raiton-Jutsu ein, gefolgt vom Hiraishin no Jutsu, um zu Koodo zurückzukehren. Während dieser entkräftet vom Rasengan: "Uzuhiko" zusammenbricht, fragt er Boruto, was es mit dem Wesen auf sich hat. Boruto hebt die Wirkung des Uzuhiko auf und erklärt ihm, dass alle, die zu einem kleinen Baum geworden sind, in einer anderen Form vom Juubi kopiert werden. Über den Verbündeten wider Willen erscheint eine weitere Gestalt. Diese erklärt weiter, dass der ursprüngliche Antrieb des Juubi war, das gesamte Chakra eines Planeten aufzunehmen. Doch nun, dank der Verbindung mit Koodo, hat das Juubi ein Bewusstsein für sich selbst entwickelt. Eine dritte, narrenähnliche Gestalt, lästert über Koodo, dass er sein ganzes Leben nur benutzt würde. Die vierte Gestalt mit Kapuze verhält sich regungslos neben Boruto. Währenddessen berichtet Kawaki Shikamaru, dass Boruto verschwunden ist. Sarada schlägt eine Zusammenarbeit mit Boruto vor, da dieser scheinbar weiß, was los ist. Kawaki ist dagegen, mit dem "Ootsutsuki" zusammenzuarbeiten, da er ihn immer noch töten möchte. Boruto ist im Begriff die vierte Juubi-Gestalt anzugreifen, doch diese reagiert eher und attackiert ihn mit einem Klingenarm und einem Chidori. Boruto hält ein Rasengan dagegen und die Attacken neutralisieren sich. Es wird nun deutlich, dass die vierte Gestalt wie Sasuke aussieht. Die anderen Juubi-Gestalten beteiligen sich ebenfalls am Kampf, sodass Koodo seine Chance sieht, zu verschwinden. Er freut sich, dass alles zufälligerweise nach seinem Plan läuft und das Juubi Boruto verschlingen wird. Der unter Felsen eingeklemmte Boruto rettet sich mit dem Hiraishin no Jutsu, während die zweite Juubi-Gestalt verkündet, dass sie ihre Natur einen Ootsutsuki zu verschlingen zugunsten ihrer neu gewonnen Neugier zurückstellen werden. Irgendwann werden sie Boruto wieder aufsuchen, damit er sein Schicksal erfüllen kann. Der geflüchtete Boruto sitzt an einem kleinen Baum, als Kashin Koji zu ihm tritt und ihn rügt, dass er zu schnell gehandelt hätte und so alle in Gefahr gebracht hat. Boruto entschuldigt sich bei ihm, aber auch bei Sasuke, der in dem kleinen Baum regungslos gefangen ist.