Fassungslos geht Obito zu Rins leblosem Körper, nachdem er die feindlichen Kiri-Nin tötete. Er ignoriert den bewusstlosen Kakashi und erinnert sich an Madara Uchihas und Zetsus Worte und schwört, eine Welt zu erschaffen, in der Rin noch am Leben ist. Obito kehrt zu Madara zurück, wie von ihm erwartet, und entschließt sich, sein Schüler zu werden. Madara benutzt ein Gen-Jutsu, um Obito die Geschichte des Rikudou Sennin und des Juubi zu erzählen. Nachdem er Obito gezeigt hat, wie man Gedou Mazou beschwört und ihm all sein Können und Wissen übermittelt hat, benutzt er die Yin-Yang-Natur, um seinen Willen in Zetsu zu übertragen, wodurch der schwarze Zetsu entsteht. Nachdem Madara sich von der Gedou Mazou trennt, sagt er Obito, dass er Madara sein soll, bis Nagato ihn wiederbelebt, und stirbt schließlich. Obito trägt ab nun Madaras Namen und wird stets von Zetsu begleitet. Einige Zeit später begeben sie sich nach Amegakure, wo sie Nagato und seinen Freunden begegnen. Obito bietet Nagato an, ihm bei seinem Ziel, Frieden zu schaffen, zu helfen, doch Yahiko lehnt das Angebot ab und entfernt sich mit seinen Freunden von Obito. Obito aber teilt Nagato noch mit, dass er jeden Tag zur gleichen Zeit an diesem Ort auf ihn warten werde, bis er sich ihm anschließt. Yahiko und seine Freunde retten viele Menschen und gewinnen mehr und mehr Kameraden, bis er sich entschließt, seine Gruppierung Akatsuki zu nennen.
