Die Jounin (上忍, Hoher Ninja) sind die Elite-Truppe der Shinobi-Großmächte. Jeder Jounin ist ein überragender Kämpfer und Meister seines Faches. Sie sind die Ausbilder der Genin und trainieren sie mit ihrem Fachwissen über die geheimen Künste der Shinobi. Die Elitetruppen der Jounin stellen die Stärke eines Großreiches dar.
Jounin Hanchou (上忍班長, Jounin-Truppführer) ist eine Position in dem Shinobi-System von Konohagakure. Als Repräsentant der regulären Shinobi-Streitkräfte ist ein Jounin Hanchou Mitglied des Rates. Obwohl dieser den Rang eines normalen Jounin besitzt, bestimmt er bei wichtigen Angelegenheiten wie z.B. der Ernennung des nächsten Hokage mit. Die Position des Jounin Hanchou hatte Shikaku Nara bis zu seinem Tod inne,[1][2] wer seine Nachfolge angetreten hat, ist unbekannt.
In Kumogakure gibt es eine ähnliche Position, die als Shinobigashira bezeichnet wird. Jedoch ist Shinobigashira im Gegensatz zu Jounin Hanchou ein eigenständiger Rang.