Rikudou Sennin[]
Der Rikudou Sennin hatte zwei Söhne, deren Nachfahren den Uchiha-Clan und den Senju-Clan gründeten.
Der Uchiha-Clan ist bereits zu Beginn der Serie ausgestorben. Einzig und allein Sasuke und Tobi, der behauptet, Madara Uchiha zu sein, leben noch, da Itachi den Clan ausgerottet und nur seinen Bruder verschont hat. Itachi starb später während des Kampfs gegen Sasuke an einer unbekannten Krankheit.
Der Clan lebte im Uchiha-Viertel in Konohagakure und betrieb die Konoha-Militärpolizei.
Das Oberhaupt des Clans war Madara Uchiha, der mächtigste Shinobi unter den Uchihas. Er gründete zusammen mit Hashirama Senju das erste versteckte Dorf: Konohagakure no Sato. Da Hashirama allerdings Madaras Erzfeind war, griff Madara ihn mit der Hilfe des Kyuubis an, unterlag aber. Laut Tobi starb Madara aber nicht wirklich, sondern lebte weiter und ist nun als Tobi der Anführer von Akatsuki.
Das Kekkei Genkai des Clans ist das Sharingan. Das angeborene Element ist Katon.
An der Spitze des Senju-Clans stand Hashirama Senju, der als der stärkste Shinobi aller Zeiten galt. Als er nach unzähligen Kriegen mit dem Uchiha-Clan einen Friedensvertrag aushandelte, gründeten sie gemeinsam das erste versteckte Dorf: Konohagakure no Sato. Hashirama wurde zum Shodai Hokage. Sein Nachfolger wurde sein Bruder Tobirama Senju. Touka Senju war ein weiteres Clan-Mitglied, über das allerdings nicht viel bekannt ist.
Tsunade und Nawaki sind Enkelkinder des ersten Hokage. In dieser Familie ist der Wille des Feuers sehr stark, der das Schutzbedürfnis für Konoha und seine Bewohner darstellt. Von den bekannten Senju-Nachfahren lebt nur noch Tsunade.
Des Weiteren könnten der Uchiha- und der Kaguya-Clan eng miteinander verwandt sein, da der älteste Sohn von Hagoromo Ootsutsuki, Indra Ootsutsuki, Merkmale beider Clans aufweist.
Sarutobi-Clan[]
An der Spitze des Sarutobi-Clans steht Hiruzen Sarutobi, der nach Tobirama Senju zum dritten Hokage gewählt wurde. Sein Sohn ist Asuma Sarutobi und sein Enkel ist Konohamaru, der der Sohn von Hiruzens unbekanntem zweiten Kind ist.
Kurenai Yuuhi, die Lebensgefährtin des bereits verstorbenen Asuma, erwartet ein Kind von ihm.
Den Sarutobi-Clan zeichnet der Wille des Feuers aus, der ein starkes Schutzbedürfnis für Konoha und seine Bewohner darstellt. Für Asuma war der König im japanischen Schach-Spiel nicht etwa der Hokage, sondern die ungeborenen Kinder Konohas, die die Zukunft und die Hoffnung repräsentieren.
Hyuuga-Clan[]
Der Hyuuga-Clan ist ein in die Hauptfamilie und die Nebenfamilie zwiegespaltener Clan. So gehört der Erstgeborene immer der Hauptfamilie an, und die jüngeren Söhne bilden die Nebenfamilie. Alle Mitglieder der Nebenfamilie bekommen das Hyuuga Souke no Juin-Jutsu auf die Stirn eingeprägt, das durch ein Fingerzeichen eines Hauptfamilienmitglieds aktiviert werden kann. Bei Aktivierung bereitet das Mal dem Träger unsägliche Schmerzen und kann sogar zum Tode führen. Dies verwendet die Hauptfamilie, damit sich die Nebenfamilie ihr nie widersetzen kann. Weiterhin versiegelt das Mal die Augen des Trägers bei dessen Tod, sodass die Augen von niemandem gestohlen werden können.
Da nur die Hauptfamilie in alle Geheimnisse des Byakugans eingeweiht wird, ist es für ein Nebenfamilien-Mitglied fast unmöglich, so gut wie ein Hauptfamilien-Mitglied zu werden. Deshalb wird Neji auch als Genie angesehen, nachdem er das Hakke Shou Kaiten exzellent ausführen konnte.
Das Kekkei Genkai des Clans ist das Byakugan. Ihr erhabener Juuken-Tai-Jutsu-Kampfstil ist ihr Markenzeichen.
Namikaze / Uzumaki[]
Naruto Uzumaki ist der Sohn von Minato Namikaze und Kushina Uzumaki. Kushina stammt aus dem Strudel-Reich, lebte aber später mit Minato zusammen in Konohagakure. Als Minato bereits ein exzellent ausgebildeter Shinobi unter Jiraiyas Anleitung war, erwartete er mit Kushina ein Kind. Minato beschloss, seinen ungeborenen Sohn "Naruto" zu nennen, da so der Hauptcharakter in Jiraiyas Buch Die Legende des mutigen Ninjas hieß und Minato hoffte, dass sein Sohn ebenso willensstark wie der Protagonist werden würde. Laut Kushina ist der Uzumaki-Clan mit dem Senju-Clan blutsverwandt.
Minato starb beim Angriff des Kyuubis auf Konoha, als er das Shiki Fuujin als letzten Ausweg ansah, den Kyuubi zu bezwingen. Dieses Jutsu führt unweigerlich zum Tode. Mit seiner letzten Kraft wendete er zusätzlich das Hakke no Fuuin Shiki bei seinem Kind an, das die halbe Kraft des Kyuubi in ihm versiegelte und ihn so zum Jinchuuriki machte. Kushina starb, als sie von Minato in Naruto mitversiegelt wurde, damit sie eines Tages ihren Sohn noch einmal sehen kann.
Laut Tobi gehört auch Nagato aufgrund seiner roten Haare zum Uzumaki-Clan.
Außerdem gehört auch Karin dem Uzumaki-Clan an.