El Cuartel General (本社, Honsha), era el lugar en donde se planeaban las estrategias y se sabía lo que ocurría en la guerra para la Gran Alianza Shinobi, en este sitio se ubicaba parte de la División Sensor, la División de Inteligencia, también estaban Shikaku Nara de Konohagakure y Mabui de Kumogakure que estaban al tanto de lo que sucedía en los campos de batalla. Tres de los cinco kages lideraban el cuartel, pero Ōnoki se fue a apoyar a Gaara que estaba con parte de la Cuarta División para enfrentar al Escuadrón Kage, A y Tsunade partieron después para detener a los Jinchūrikis que quedaban: Naruto y Killer B, dejando a Shikaku temporalmente a cargo, pero luego volvieron. Cuando Madara Uchiha causó estragos a la cuarta división matando a la mayoría de los miembros que se encontraban en el campo de batalla. A y Tsunade decidieron ir teletransportados por el Jutsu: Transferencia Celestial de Mabui. En el despertar del Diez Colas, los de la División Sensor detectaron cómo el chakra de la bestia amorfa la esfera de detección.
El cuartel general es destruido por la Bomba Bestia con Cola del Diez Colas.
Después de que el Diez Colas alcanzó su segunda etapa, empezó a arrojar Bombas Bestia con Cola en varias aldeas al azar, siendo la última bomba lanzada hacia el Cuartel General, eliminando a la mente de la alianza, no sin antes Shikaku dejar un último plan antes de morir.