Kekkei Genkai (血継限界, Barrera Sanguínea) son habilidades genéticas que son transmitidas en clanes específicos. Los Kekkei Genkai y sus Jutsus no pueden ser copiados ni enseñados, pero existen varias excepciones. Se podría decir que existen tres tipos de Kekkei Genkai, uno de ellos son los Dōjutsu los cuales son jutsus oculares, varias personas han logrado tener un Dōjutsu sin tener la sangre del clan, solo transplantárselo ya sea en un ojo o una parte del cuerpo, por ejemplo, Obito le dio su Sharingan implantándoselo a Kakashi Hatake en el ojo izquierdo. Otro tipo de Kekkei Genkai es el que se obtiene cuando se une simultáneamente dos tipo de naturaleza de chakra creando un nuevo elemento avanzado, pocas personas pueden hacer esta hazaña ya que es muy difícil. Personas como Orochimaru han logrado através de la manipulación genética transmitir Kekkei Genkai a una personas insertándole el ADN del usuario de la habilidad, uno de estos casos es Yamato, Danzō y Madara quienes obtuvieron el Elemento Madera de Hashirama gracias a este método, curiosamente en los dos últimos casos una manifestación del rostro de Hashirama se manifestó en sus cuerpos. Sasori ha logrado mantener los Kekkei Genkai de un persona aún estando muerto através de las Marionetas Humanas. También es posible tener dos o más Kekkei Genkai.
Nunca hay que confundir un Kekkei Genkai con un Jutsu Secreto. Un Jutsu Oculto es un jutsu exclusivo de un determinado Clan, esto se debe a que los grupos que tienen este tipo de técnicas suelen ser extremadamente reservados sobre ellos.
Existe una forma más avanzada que el Kekkei Genkai, conocido con el nombre de Kekkei Tōta ("Una Selección de Herencia de Sangre"). El único conocido hasta ahora es el Elemento Polvo usado por Ōnoki y Mū.
El tercer tipo se clasifica como habilidades sobrehumanas únicas como el Shikotsumyaku de Kimimaro o el Ataque del Par de Espíritu Malignos de Sakon y Ukon.
Lista de Kekkei Genkai
| Exclusivos de las novelas | Clan |
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 Barro
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| Exclusivos del anime | Clan |
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 Dōjutsu de Ranmaru
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 Cristal
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 Kekkei Genkai del Clan Kurama
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 Clan Kurama
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 Transformación en Humo
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Clan Iburi |
| Exclusivos de las películas | Clan |
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 Oscuridad
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 Velocidad
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Inspiración
El concepto de técnicas ninja especiales obtenidas por la herencia puede haber sido inspirado en parte por las obras de Futaro Yamada, que tuvieron gran influencia posterior representaciones de ninja en la ficción. En particular, la Koga Ninja Scrolls publicado en 1959, contó como un par de clanes de ninjas guerreros que, a través de cría selectiva, se había producido ninjas con una variedad de malformaciones, mutaciones y habilidades especiales, e incluso Dōjutsu.
Curiosidades
- El Elemento Madera de Hashirama a pesar de ser una habilidad genética no se notó que fuera transmitida a sus descendientes.
- Madara fue capaz de crear a Zetsu en base a los genes de Hashirama, con su Kekkei Genkai, dándole un cuerpo y habilidades del Elemento Madera.
- El único Hokage con Kekkei Genkai fue el primer Hokage, Hashirama Senju.
- El Clan Uchiha es el poseedor de mas Kekkei Genkai con 5 de ellos (Sharingan, Mangekyo Sharingan, Mangekyo Sharingan Eterno, Elemento infierno y Rinnegan)
| v • d | Kekkei Genkai, Kekkei Tōta y Kekkei Mōra |
| Dōjutsu: | Rinne Sharingan • Rinnegan • Sharingan • Mangekyō Sharingan • Byakugan • Tenseigan • Ketsuryūgan • Jōgan • Dōjutsu Ōtsutsuki • Senrigan • Dōjutsu de Ranmaru |
| Elementos Avanzados: | Acero • Barro • Cristal • Disolución • Ebullición • Fusión • Explosión • Hielo • Imán Madera • Oscuridad • Polvo • Quemar • Tifón • Tormenta • Velocidad |
| Hereditarias: | Kekkei Genkai del Clan Kurama • Shikotsumyaku • Transformación del Sabio • Transformación en Humo • Kekkei Genkai de Ryūzetsu |
| Exclusivos: | Kekkei Genkai de Sakon y Ukon |