Raíz ("Ne")es un departamento de entrenamiento de Konoha fundado por Danzō Shimura. Llevan a cabo misiones en las que Danzo cree que se beneficiará la Aldea Oculta de la Hoja, por lo menos algunos de los cuales son menos que respetables. La prioridad de la organización es su secreto, y la mayoría de sus misiones se actúa en la oscuridad.
A diferencia de los ANBU normales, llevan una tiples Tantō en lugar de una Katana. Este es un grupo muy estricto, ya que Danzō Shimura ha capacitado a los miembros a perder sus emociones. Cada miembro tiene un nombre en clave, e incluso los propios miembros parecen no conocer sus nombres originales.
Incluso después de su disolución, los miembros siguen siendo leales a Danzō Shimura, y retener su formación de ser sin emociones para lograr sus objetivos. También siguen para llevar a cabo misiones en la oscuridad, en su opinión, el beneficio para el pueblo.
Cada miembro de la Raíz tiene un Sello Maldito impreso en su lengua por Danzō Shimura, cerca de la parte posterior de su garganta, que le paralizaria todo el cuerpo si se trata de hablar de Danzo, haciéndolos incapaces de hablar o moverse, esto es para evitar que los interrogatorios para obtener información o una traición. Sakura Haruno señala que incluso se sintió que este método es horrible. El sello desapareció después de la muerte de Danzō Shimura.
Se sabe que Orochimaru pertenecio a este departamento, de alli la relacion con Danzō Shimura.