En el manga Naruto solo se vio obligado a usar el Modo Rikudou en dos ocasiones:
1. Para absorber la Mega Bijudama
2. Para equiparar el Taijutsu de Momoshiki CUANDO absorbió a Kinshiki.
Nota: Sasuke luchó de tú a tú con Momoshiki ANTES de que absorbiera a Kinshiki. Sí a Sasuke lo hubiese atacado con una Mega Bijudama hubiese utilizado el poder del Rinnegan ya sea para potenciar su Susanoo (como Naruto hizo con el Modo Rikudo en Kurama) o mas bien para tele-transportarse a un lugar seguro. En el manga no vi una gran diferencia entre taijutsu de Naruto y Sasuke EN BASE. En la película sí mas Naruto no disputó contra Momoshiki antes de que absorbiera a Kinshiki (en el manga se pueden apreciar algunos cuadros).
El último antecedente es la Cuarta Guerra, que en primera instancia lucharon en base los dos y Sasuke utilizó el MSE y el Rinnegan y Naruto saltó de base a Modo Rikudou pero se veía un poco superado por Sasuke, obviamente no utilizó el Modo Sabio que requiere el versus.
Conclusión: Sasuke MSE vs Naruto MS en su adultes: EMPATE