نینجوتسو (忍術؛ معنی دقیق "تکنیک ها نینجایی") اصطلاحی مبهم است برای اشاره به تمام تکنیک هایی که شینوبی ها با استفاده از چاکرا انجام می دهند و در شرایط معمولی قادر به انجام آن نیستند. برخلاف گنجوتسو که حریف را در توهم گرفتار می کند، تاثیرات نینجوتسو واقعی هستند. نینجوتسو شامل دامنه گسترده ای از تکنیک ها می شود، با تکنیک های ساده نینجوتسو می توان کارهای از جمله تغییر شکل و امکان فرار از حملات را انجام داد.
در نینجوتسو استراتژی ها و تاکتیک های جنگ های نامتعارف و چریکی و روش های جاسوسی و پنهان کاری آموزش داده می شود.
از برجسته ترین خصوصیات نینجوتسو این است که بدن و جسم را پایگاه فکر و اندیشه می داند و کالبد آدمی را آموزش می دهد تا با آن روح را بسازد. اصول اصلی و اجرای تکنیک ها نیاز به سرعت، تعادل، تمرکز، قدرت و تنظیم زمان تنفس و کنترل آن دارد و بدون آن فاقد ارزش است.