چونین (中忍، نینجا سطح متوسط یا ماهر) سطحی است که در آن نینجا میتواند نینجاهای دیگر را راهنمایی یا ماموریتها را هدایت کند. چونینها در سطحی از بلوغ فکری و توانایی قرار دارند که عمدتا توانایی رهبری و قابلیتهای تاکتیکی را دارا هستند. از این رو گنینهایی که فاقد این تواناییها باشند در امتحان چونین از چونین شدن باز میمانند.
برخی از چونینها چون ایروکا اومینو، دایکوکو فوننو و سوزومه به عنوان معلم در آکادمی مشغول میشوند و برخی دیگر چون شیکامارو نارا به عنوان رهبر گروههای کوچک، هدایت گروههایی که نیاز به تصمیمگیری و استفاده بهینه از مهارتها در آنها وجود دارد را به عهده میگیرند. چونینها معمولا برای انجام ماموریتهایی در سطح c و سطح B در نظر گرفته میشوند.
برای چونین شدن، یک گنین باید در امتحان چونین شرکت کند و آزمونهای سختی را پشت سر بگذارد. تنها امتحان چونین نمایش داده شده در مجموعه ناروتو، امتحان سهمرحلهای کونوهاگاکوره بوده است. در نهایت افرادی که چونین میشوند امکان پوشیدن جلیقه فلک را بدست میآورند که دارای طومارهای نینجوتسو است. شایان ذکر است که پوشیدن این لباس اجباری نیست و برخی چونینها ترجیح میدهند برای داشتن نمای استادانهتر از ردا یا شنل استفاده کنند.