Naruto Uzumaki est un garçon de 12 ans du Village de Konoha qui rêve de devenir Hokage, c'est-à-dire le ninja le plus puissant et chef du village. Cependant, Naruto porte en lui un secret dont il ignore tout : un démon, le Renard à Neuf Queus, a été scellé dans son corps. Ce démon avait attaqué le village 12 ans auparavant et fut enfermé par le Quatrième Hokage, lui coûtant la vie. À cause de cela, Naruto a toujours été associé à cet esprit maléfique et a grandi isolé de tout le monde. Après avoir échoué à plusieurs reprises à l'examen de l'Académie pour devenir Genin, Naruto est sauvé par son maître, Iruka Umino, lorsque Mizuki, un maître traître, tente de le manipuler pour voler un rouleau contenant des techniques interdites. C'est à ce moment que Naruto découvre enfin son secret. Désireux de protéger Iruka, il trouve la force de vaincre Mizuki grâce à la Technique Supérieure de Multi Clonage, qu'il a apprise en lisant le rouleau. Grâce à cette démonstration de courage, Naruto obtient finalement sa promotion en tant que Genin et intègre l'équipe 7 aux côtés de Sakura Haruno et Sasuke Uchiwa, sous la direction du maître Kakashi Hatake.
L'équipe 7, comme toutes les autres équipes de Genin, se voit attribuer des missions simples de rang D. Cependant, après les plaintes de Naruto, ils reçoivent une mission de rang C, consistant à protéger et escorter le vieux Tazuna, un constructeur de ponts du Pays des Vagues, lors de son voyage de retour chez lui. La difficulté de la mission passe au rang B lorsque Tazuna révèle être la cible de Gatô, un homme d'affaires sans scrupules qui a engagé des ninjas pour l'assassiner. Zabuza Momochi, un ninja déserteur du Village de la Brume, attaque l'équipe 7 après que Kakashi ait neutralisé les Frères Démons. Toutefois, Zabuza est battu par Kakashi mais est sauvé par Haku, son jeune compagnon, qui fait semblant de le tuer afin de pouvoir l'emporter sous prétexte de récupérer son corps. Kakashi, après avoir utilisé intensivement son œil contenant le Sharingan, réalise que Zabuza est encore en vie. Il décide alors d'entraîner ses élèves pour les préparer au prochain affrontement.
L'équipe 7 est hébergée dans la maison de Tazuna, où ils rencontrent sa famille. Pendant ce temps, Naruto, Sasuke et Sakura s'entraînent à grimper aux arbres en utilisant leur chakra. Lorsque Zabuza se remet de ses blessures, il revient sur le pont pour affronter à nouveau l'équipe 7 avec l'intention de tuer Tazuna. Lors du combat, Kakashi affronte Zabuza tandis que Naruto et Sasuke combattent Haku. Au cours de la bataille, malgré l'activation pour la première fois de son Sharingan, Sasuke semble être tué par Haku en protégeant Naruto. Ce dernier, voyant son camarade blessé à cause de lui, entre dans une rage incontrôlable.
Naruto perd le contrôle et libère une partie du chakra du Renard à Neuf Queues. Avant que Naruto ne puisse tuer Haku, ce dernier se sacrifie pour sauver Zabuza de l'attaque de Kakashi. À ce moment-là, Gato révèle qu'il n'a pas l'intention de payer Zabuza pour la mission et tente de le faire tuer par ses hommes de main. Cependant, Zabuza, malgré ses blessures mortelles, parvient à tuer Gatô avant de succomber à ses blessures. Tazuna termine finalement la construction du pont et décide de le nommer "Pont Naruto" en l'hommage de l'aide précieuse du jeune ninja, persuadé que ce nom le rendra célèbre un jour. L'équipe 7 enterre les deux ninjas défunts et retourne au village. À leur arrivée, ils rencontrent trois ninjas du Village du Sable : Temari, Kankurô et Gaara, et apprennent qu'un examen de sélection des chûnins va bientôt avoir lieu, pour lequel Kakashi les a inscrits. En chemin pour confirmer leur inscription, Sasuke est défié par l'un de ses camarades villageois plus âgé d'un an : Rock Lee.