L'Invasion de Konoha (木ノ葉崩し, Konoha Kuzushi) fut planifiée par le village d'Oto, sous le commandement d'Orochimaru, et Suna (également dirigée par Orochimaru, sous les traits du Kazekage). Cette attaque fut menée durant l'Examen Chûnin auquel participait Naruto Uzumaki. Les combats ayant eu lieu pendant cet assaut montrèrent pour la première fois des jutsu supérieurs, voire interdits, comme le fameux kinjutsu Edo Tensei qu'utilisa Orochimaru pour invoquer le Premier Hokage et le Deuxième Hokage ainsi qu'un fûinjutsu utilisé par le Troisième Hokage (technique léguée par le Quatrième Hokage) afin de sceller les bras d'Orochimaru. Bien qu'Orochimaru fut le cerveau de l'invasion, le Quatrième Raikage insinua que l'invasion était un complot secret de Danzô Shimura avec l'Akatsuki pour se débarrasser à la fois du Troisième Hokage Hiruzen Sarutobi et du Quatrième Kazekage.
Pendant le combat entre Sasuke Uchiwa et Gaara, blessé par le Chidori de Sasuke, Kabuto Yakushi jeta un genjutsu afin d'endormir les spectateurs et lança le signal d'attaque. Seuls Kakashi, Gaï et Sakura ne furent pas endormis par le genjutsu ; Kakashi et Gaï commencèrent à combattre les ninjas ennemis venus dans l'arène. Kakashi envoya Sakura réveiller Shikamaru Nara et Naruto Uzumaki pour accomplir une mission de rang A, trouver Sasuke parti à la poursuite de Gaara. Pour les aider et retrouver la trace de Sasuke, Kakashi invoqua Pakkun. Puis, les genin suivirent Pakkun parti sur les traces de Sasuke.
Dès que Kabuto lança le signal d'attaque, le Kazekage prit le Troisième Hokage en haut du toit et le menaça avec un kunaï. Hiruzen Saturobi le reconnut comme étant Orochimaru. Ce dernier demanda au Quartet du Son du mettre une barrière autour du toit pour empêcher toute intervention de l'extérieur. L'affrontement commença entre le maître et l'élève. Le combat se finit après que Hiruzen scella les bras d'Orochimaru à l’aide de l'Emprisonnement des Morts et la mort de Hiruzen. Orochimaru fut obligé de fuir en maudissant son maître. Finalement Suna se rendit compte de la supercherie d"Orochimaru et le village fut contraint de renouveler le pacte de paix avec Konoha.