L'Invasion de Pain est une attaque contre Konoha ayant été orchestrée par le leader de l'Akatsuki, Pain. Son objectif était de capturer Naruto Uzumaki, le réceptacle de Kyûbi. Pain réussit à détruire le village avec sa technique de répulsion et battit même Kakashi et l'unité Chôza. Ensuite, il combattit Naruto mais se fit battre par ce dernier et après une discussion avec Naruto, il rendit la vie à tous les ninjas morts de Konoha pour se faire pardonner.
Kakashi contre Pain[]
Chôji et Chôza combinant leurs techniques du Boulet Humain.
Alors que Pain s'en prenait à Konoha, Kakashi affrontait le chef de leur sextuor, Tendô capable d'attirer et de repousser vers lui tout ce qui se trouvait autour de lui. Tendô fut vite rejoint par Shuradô qui attaqua Kakashi avec ses salves explosives. Tendô attira alors vers lui le corps de Kakashi que Shuradô transperça avec une lance, juste avant que Chôza n'écrase Shuradô avec son décuplement partiel au moment où l'unité de Chôza était arrivée. Tendô attaqua alors et repoussa toutes les salves de l'unité Chôza mais esquiva trois kunaï de Chôji lancé juste après. Kakashi comprit alors quel était le secret de la technique de Pain, il était capable d'attirer vers lui n'importe quel objet et de le repousser au besoin mais elle comporte une intervalle de cinq secondes avant qu'il ne puisse réutiliser sa technique. Alors que toute l'équipe était à terre à cause de la Répulsion Céleste excepté Chôji et Chôza, Kakashi élabora un plan pour attaquer Pain. Alors que Pain attendait, Kakashi surgit de sous-terre pour le prendre par surprise, mais Pain riposta avec la Répulsion Céleste et Kakashi se retrouva à terre. Mais Chôji et Chôza attaquèrent sous forme de boulets humains mais Pain repoussa de nouveau cette tentative de l'atteindre mais en retrouvant leurs formes normales ils tirèrent tous deux sur une chaîne pour l'emprisonner. Kakashi, saisissant l'opportunité, attaqua Pain avec les Milles Oiseaux mais le second Pain que Chôza avait éliminé lors de la première attaque et qui était encore capable de se mouvoir se dressa devant Pain et prit l'attaque de plein fouet.
Pain riposta par une puissante Répulsion Céleste qui dévasta toute la zone. Voyant cela, Chôza se dressa devant son fils Chôji pour le protéger de l'explosion et fut gravement blessé. Pain décida d'éliminer Kakashi coincé dans les gravats et voulut lui planter un clou dans la tête, mais Kakashi l'expédia dans une autre dimension grâce à son Sharingan. Croyant que sa cible était définitivement hors d'état de nuire, Pain s'en alla. Chôji, lui avait repris conscience et pleurait autour du corps de son père, Kakashi lui ordonna d'aller immédiatement prévenir Maître Tsunade des pouvoirs de Pain. Alors que celui-ci s'apprêtait à se lever, le second Pain le visa avec un missile qui le poursuivit.
Kakashi utilisa le Mangekyô Sharingan pour protéger Chôji afin d'expédier le missile dans une autre dimension et permettre aux survivants de récolter des informations sur Pain, avant de rendre l'âme.
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