À l'âge de 20 ans, il reçoit déjà le prix « Hope Step » décerné par les éditions Shueisha aux jeunes auteurs à l’avenir prometteur pour son court récit intitulé « Karakuri ». Le prix Hope Step fut auparavant attribué à des mangakas aujourd’hui devenus incontournables tels que Yoshihiro Togashi (Hunter × Hunter, Yû yû hakusho), Nobuhiro Watsuki (Kenshin le vagabond) et Eiichiro Oda (One Piece). On peut d'ailleurs trouver « Karakuri » dans le 18e recueil des lauréats du prix Hope Step paru en 1996 dans la collection Jump Comics.
Kishimoto ouvre également le projet « Top of the Super Legend » en publiant un one shot nommé « Bench ! » et ayant pour sujet le baseball. Il sera suivit d'un one shot par semaine réalisé par d'autres auteurs réputés, comme Hideaki Sorachi (auteur de Gintama), Takeshi Konomi (auteur de Prince of Tennis), Kyōsuke Usuta (auteur de Jaguar), Osamu Akimoto(auteur de Kochi Kame) et Akira Toriyama (auteur de Dragon Ball)[réf. nécessaire].
Il est également un très grand fan de Akira Toriyama et raconte, dans les pages Bonus de « Naruto », son enfance et sa découverte du jeu vidéo «Dragon Quest » sur Famicom[réf. nécessaire].
La série « Naruto » connaît une prépublication dans l’hebdomadaire Weekly Shonen Jump depuis le no 17 (1999) et est adaptée à la télévision japonaise. Fin 2007, elle atteignait une quarantaine de volumes reliés au Japon. Ce manga est sans nul doute l'un des plus importants succès commerciaux de ces dix dernières années : en 2007, Masashi Kishimoto était le deuxième mangaka le plus taxé du Japon, avec 178,4 millions de yens (près d'1 millions d'euros) d'impôt1.
Masashi a un frère jumeau, Seishi, également mangaka et auteur de 666 Satan et de Blazer Drive.