טבע הצ'אקרה (יפנית: 性質変化, אנגלית: Chakra Nature, קאנג'י: Seishitsu Henka) היא צורה מתקדמת של שליטה בצ'אקרה שמבטא בעיצוב וגיבוש הטבע של הצ'אקרה העצמית, שינוי תכונותיה בכדי להשתמש בה בטכניקות. טבע הצ'אקרה היא אחד משני מרכיבים הכרחיים בשביל ליצור או לפתח טכניקה, המרכיב השני הוא צורת הצ'אקרה. בזמן שהטבע משנה את תכונות הצ'אקרה הצורה משנה את המבנה והתנועה של הטכניקה. הביצוע עצמו של טכניקה עם צ'אקרה טבעית נקרא "שחרור" (יפנית: 遁, אנגלית: Style, קאנג'י: Ton).
צ'אקרה טבעית בסיסית[]
דיאגרמה עיגולית שמציגה את החולשות והחוזקות האלמנטליות של חמשת הטבעיים הבסיסיים אחד עם השני. עם כיוון השעון - אש, רוח, ברק, אדמה ומים. כיוון השעון מראה גם מול איזה טבע חזק ביותר ולהפך.
חמשת הצ'אקרות הטבעיות הבסיסיות (יפנית: 五大基本性質, קאנג'י: Godai Kihon Seishitsu) הם חמשת טבעי הצא'קרה, אשר יחדיו בונים את הבסיס לכל נינג'וטסו אלמנטלי. טבעי הצ'אקרה מושתת בחברת השינובים עד כדי שכמעט כל אחד מחמשת הכפרים הנסתרים נקראים אחרי כל טבע בסיסי. כל אלמנט חלש וחזק מהאחר על פי סדר טבעי:
- אש (יפנית: 火, קאנג'י: Hi) חזק יותר מרוח אבל חלש מפני מים.
- רוח (יפנית: 風, קאנג'י: Kaze) חזק יותר מברק אבל חלש מפני מאש.
- ברק (יפנית: 雷, קאנג'י: Kaminari) חזק יותר מאדמה אבל חלש מפני רוח.
- אדמה (יפנית: 土, קאנג'י: Tsuchi) חזק יותר ממים אבל חלש מפני אדמה.
- מים (יפנית: 水, קאנג'י: Mizu) חזק יותר מאש אבל חלש יאדמה.