A chakra (チャクラ) egyfajta belső energia, amelyet a szereplők használnak egyes jutsuik
.svg.png){kind=link}
véghezviteléhez.
Eredete szerint a nindzsák két testenergiájuk kombinálásával hozzák létre a chakrát:
- a sintai enerugíval (身体エネルギー), azaz a fizikai energia, amely abból a milliárdnyi sejtből származik, ami felépíti az emberi testet.
- a szeisin enerugíval (精神エネルギー), azaz a szellemi energia, amely tapasztalattal és a test edzésével szerezthető.
A megtermelt chakra a ahhoz hasonló rendszert hoz létre a testben, mint az érrendszer. Ez az erő a test 361 pontján szabadítható fel. A chakra 12 alapvető kézjel különböző kombinálásával irányítható és használható a jutsuik elvégzésére.