A Senju klánt tartották a legerősebbnek a háború sújtotta korban, és eme klán alapította Konohát. Az Uchiha klán ellensége, és távoli rokona az Uzumaki klánnak.
Történet:
A klán leszármazottja a Hat Út Bölcse (Rikudou Sennin), akinek két fia volt, kik örökölték apjuk erejét, és fizikai energiáját. A kisebbik fiú úgy gondolta, hogy az szeretet a legfontosabb, ez vezethet ahhoz, hogy a világ békességben éljen. A nagyobbik fiú viszont abban hitt, hogy a hatalom jelenti a kulcsot a békességhez. Rikudou a kisebbik fia eszméire hallgatott, ezért a nagyobbik fivérben gyűlölet keletkezett öccse iránt. Amikor az apa halálos ágyán volt kisebbik fiát nevezte örököséül, bátyja viszont ezt nem tartotta jogosnak, ezért megtámadta öccsét. Az Uchiha klán is a nagyobbik testvér eszméit tartotta helyesnek, és ez az oka az évszázados rivalizálásnak a Senju és Uchiha klán között.
Hírnevet szerzett a klán, mikor megalapította Konohát. Míg más klánok arra koncetráltak, hogy különös készségeket sajátítsanak el, a Senju klán már minden technikát elsajátított. Mesterei voltak mind a nin- tai- és genjutsunak. Ezer kéznek is nevezték őket, innen ered a Senju. Sen=Ezer, Ju=Kéz, vagy készség.
Leghíresebb tagja a klán volt vezetője Hashirama Senju. Egyedülálló ninjutsuja, -mely a víz és föld elemekből jön létre (fa, mokuton) - adta a klán becenevét, ami az Erdő Klán (Mori no Senju Ichizoku) névre hallgat. A víz és föld elemekből létrejött fa 'elem' képessége, hogy irányítani tudják vele a Bijuukat (vagyis az 1-9 farokkal rendelkező szörnyetegeket). Ez tette a fa elem használókat a legnagyobb shinobivá.
A Senju klán a Shinobi világ legjobbja volt, de volt egy másik klán, kik képesek voltak lépést tartani velük. Ez nem más, mint az Uchiha klán. Ha egy ország felbérelte a Senju klánt, akkor az ellenség az Uchiha klánt hívta segítségül. Ez vezetett a két klán közötti rivalizálásához, pontosabban Hashirama és Uchiha Madara rivalizálásához.
Minnél híresebb lett a Senju klán annál jobban gyarapodott az ellenségeik is. Állandó vérontás folyt, Hashiramának viszont az volt a nagy álma, hogy béke legyen a világban. Az ismert 'Tűz Akarata' késztette a Senju klánt, hogy fegyverszünetet javasoljon az Uchiha klánnak, kik ezt el is fogadták. Mindkét fél belefáradt már az értelmetlen harcokba, egyedül Madara volt az, aki a fegyverszünet ellen volt, mert úgy vélte, hogy egy napon a Senju klán úgyis megsemmisíti az Uchiha klánt. Szerinte a két klán olyan, mint a víz és az olaj, nem fog semmit sem változtatni a megegyezés, viszont kénytelen volt beletörődni, mert az Uchihák békét és nyugalmat akartak, és mint a vezetőjük fejet kellett hajtania a döntésük előtt.
Nem sokkal ezután a Tűz országa alkalmazta a frissen létrehozott megegyezést, hogy segítségével stabilizálni tudja a határaikat. Ezzel létrejött a rendszer, mely szerint egy országban egy rejtett falu van. A Tűz országa és a Rejtett Levél falu. Ez a rendszer az egész világon elterjedt, így lassan, de biztosan a háborúskodás véget ért. Így egy kis időre valóra válhatott Hashirama álma. De ezután felmerült egy kérdés: ki legyen a Shodaime Hokage? Ez a megtiszteltetés Senju Hashiramára esett, a falu minden lakója támogatta őt. Madara viszont tudta, hogy megfosszák az Uchihákat a joguktól és hatalmuktól. Szembe akart szállni Hashiramával, de hátat fordítottak neki, és azt állították, hogy megpróbálja újra felszítani a háború tüzét, később pedig elhagyta a falut. Később mint bosszúálló, kihívta egymaga Konohát, viszont elbukott, és vereségének színhelye a Végzet Völgye néven vált ismertté. Mindenki azt hitte, hogy ott halt meg, és Hashirama is meg volt győződve erről.
A Senju klán éveken keresztül megtartotta a felsőbbségüket Konoha fölött, és azzá formálta a falut, amilyen most. Az első Hokage (Hashirama) halála után az öccse, Tobirama Senju fellépett, hogy második Hokage legyen. A harmadik Hokage tanítványuk, Sarutobi Hiruzen lett, bár nem a Senju klánhoz tartozott. Utódja, Namikaze Minato (Negyedik Hokage), aki Jiraiya tanítványa volt, Jiraiyat pedig a Harmadik Hokage tanította. Tsunade, az Ötödik Hokage nem csak egy diák volt a Harmadik Hokage szárnyai alatt, hanem az Első Hokage unokája, és a Második Hokage unokahúga is. Mindegyikőjük erősen hitt a Tűz Akaratában.
Később a Második Hokage (Hashirama öccse) különleges feladattal látta el az Uchihákat, miszerint ők lettek Konoha rendőrsége. EZ viszont csak azt a célt szolgálta, hogy távoltartsák őket a kormányzati ügyektől. Egyszerűen csak egy csoportba volták össze őket, hogy könnyebb legyen a megfigyelésük, viszont néhányan rájöttek erre, és akárcsak Madara lázadást fontolgattak, de már késő volt. Ugyanis a Senju klán mindent az irányítása alá volt, és az egykor büszke Uchiha klán már nem volt több, mint a Senju játékszere. Egy bizonyos esemény pedig végleg megpecsételte az Uchihák sorsát: megjelent a Kyuubi (Kilencfarkú róka), és mivel köztudott, hogy csak az Uchihák doujutsuja (szemtechnika) képes irányítani a bestiát, Konoha vezetői úgy gondolták, hogy egy Uchiha állt az egész mögött, és át akarják venni a falu vezetését. Az incidens miatt a klánt átköltöztették a falu egyik félreeső sarkába, végleg elkülönítve őket. Egyedül a Harmadik Hokage volt az, aki nem értett ezzel egyet. Az Uchihák összegyűltek, és egy puccsot kezdtek szervezni, így Konoha vezetői egy kémet helyeztek el az Uchihák között. Ez a személy nem más volt, mint Uchiha Itachi, és ez az a pont, ahol a fiú élete pokollá változott. Egy szigorúan titkos küldetéssel bízták meg, mely nem volt más, minthogy eltörölje az Uchiha klánt a föld felszínéről. Ha egy az Uchiháékhoz hasonló képeségekkel rendelkező klán elindított volna egy polgárháborút az nemcsak Konohát rázta volna meg, hanem az egész világot is. Egyedül a Harmadik Hokage volt azon a véleményen, hogy az egyetlen megoldás, ha békét kötnek az Uchihákkal, de ő kudarcot vallott. Itachi megkérte Sandaimét, hogy védje meg Sasukét Danzoutól és a többiektől...
Nem ismert, hogy a Senju klán jelenleg is létezik-e, mint szervezet. Nincs ismert személy, ki a Senju nevet viselné, bár az Ötödik Hokage, Tsunade lehet a hivatalos Senju. Lehetséges, hogy a klán feloszlott kisebb klánokra és családokra. Soha nem voltak meghatározott jellemzőik, technikáik, mint az Uchiha vagy akár a Hyuuga klánnak, amivel könnyen azonosítani lehetne őket. Mindazonáltal a hagyatékuk erősen él tovább Konoha népének szívében...