A szökött ninja (missing nin) olyan shinobi vagy kunoichi, aki véglegesen elhagyja a faluját. Legtöbb esetben díjat tűznek ki a fejükre és vadásznak rájuk. A legismertebb szökött ninjákból álló szervezet az Akatsuki.
Ismertebb szökött ninják
(A zárójelben a szülőfalujuk, ahonnan elszöktek.)
- Uchiha Madara (Konohagakure)
- Uchiha Sasuke (Konohagakure)
- Orochimaru (Konohagakure)
- Uzumaki Karin (Kusagakure)
- Hozoki Suigetsu (Kirigakure)
- Momochi Zabuza (Kirigakure)
- Haku (Kirigakure)
Akatsukis szökött ninják
- Uchiha Itachi (Konohagakure)
- Hoshigaki Kisame (Kirigakure)
- Deidara (Iwagakure)
- Sasori (Sunagakure)
- Hidan (Yugakure)
- Kakuzu (Takigakure)
(Pain és Konan nem szökött ninják, hisz ők Amegakure vezetői.)
(Obito nem szökött ninja, hisz papíron halott.)