Cakra (チャクラ, chakura) adalah sesuatu yang penting bahkan teknik yang paling dasar; adalah hasil dari energi fisik (身体 エネルギー, Shintai enerugī) hadir dalam setiap sel tubuh dan energi spiritual (精神 エネルギー, seishin enerugī) yang diperoleh dari pikiran. Setelah dibentuk, dapat disalurkan melalui sistem peredaran cakra, yaitu cakra sebagai sistem peredaran reguler adalah darah, ke salah satu dari 361 poin cakra (disebut tenketsu) dalam tubuh. Melalui berbagai metode, yang paling umum digunakan adalah segel tangan, cakra kemudian dapat dikontrol dan dimanipulasi untuk menciptakan efek tidak masuk akal, seperti berjalan di atas air, Hembusan Napas Api atau menciptakan ilusi.
Dengan rasio yang berbeda dari dua energi, warna baru dan jenis yang lebih kuat dari cakra dapat dibentuk. Kebanyakan Ninja memiliki afinitas alami untuk satu jenis cakra, tetapi mereka memiliki kapasitas untuk menciptakan cakra unsur terlepas dari afinitas mereka sendiri. Ada lima tipe dasar, masing-masing kuat dan lemah akan yang lain, namun hubungan mereka, kelemahan, dan kekuatan satu sama lain semuanya dieksplorasi. Ada juga jenis dari Yin dan Yang dan keseimbangan energi mental dan fisik. Selain lima elemen ini, beberapa kekkei genkai bisa mencampur unsur cakra untuk membentuk sifat baru, misalnya adalah mungkin untuk mencampur air dan angin menjadi es. Sementara banyak ninja yang dapat menggunakan lebih dari satu jenis cakra, sangat sedikit yang mampu menggunakannya secara bersamaan.