I tre jonin di Konoha: Kakashi, Asuma e Kurenai.
Un Jonin (上忍, Jōnin) sono generalmente ninja di grande esperienza e altamente qualificati che servono come capitani militari. I Jonin sono generalmente in grado di utilizzare almeno due tipi di chakra elementali. Non è insolito per Jonin andare in missione da solo. Vengono spesso inviati in missioni di livello A e, se abbastanza esperti, anche in missioni di livello S (che sono considerate le difficoltà maggiori).
Per diventare un jonin, uno può essere raccomandato. Se un numero sufficiente di abitanti del villaggio e il rispettivo Kage ritengono che lo shinobi sia adatto al grado, verranno promossi. Nell'anime, un altro modo per diventare un jonin è partecipare all'esame Jonin.
Quando un ninja diventa un jonin, può essere assegnato a supervisionare una squadra di genin di tre uomini. Il loro compito sarà quello di istruirli e addestrarli a diventare ninja competenti. Possono anche decidere quando i genin sono pronti per partecipare agli esami Chunin.
A Konoha, spetta al jonin decidere se un candidato Hokage riceverà la posizione in modo permanente. Hanno anche un grado speciale noto come comandante Jonin. Gli shinobi che hanno abilità a livello di jonin solo in un'area specializzata sono classificati come Jonin speciale.