Un esempio di manipolazione del chakra tramite il Rasengan
Il massimo esempio di manipolazione del chakra è il Rasengan, che l'ha portata "al più alto livello possibile". Il Rasengan si basa assai sul controllo del chakra e non richiede l'uso dei segni della mano. Basandosi sui precetti appresi dagli esercizi di controllo del chakra, come l'arrampicata sugli alberi e Camminare sull'Acqua, il Rasengan è puro chakra ruotato e compresso nella forma di una sfera.
La manipolazione del chakra è uno dei due componenti necessari per creare o modificare una tecnica, il secondo componente è il Chakra Elementale. Mentre la manipolazione del chakra cambia la forma e il movimento del chakra, la manipolazione degli elementi della nartura cambia la natura effettiva del chakra, alterandone le proprietà e le caratteristiche. Per questo motivo, una tecnica come il Rasengan può essere trasformata nel Rasengan o nel Rasen Shuriken. La natura tagliente dell'Arte del Vento, combinata con il movimento a spirale del chakra, può cambiare il chakra in milioni di minuscole lame in una formazione a spirale. Quanti le Arti Magiche furono sviluppate per la prima volta da Indra Otsutsuki, non c'era quasi nessuna manipolazione del chakra usata nelle tecniche primitive che padroneggiava e insegnava.
Le forze portanti, quando si trasformano attraverso le loro forme progressive nei loro Cercoteri, hanno il loro chakra modellato intorno a loro per assomigliare alla forma dei loro cercoteri. Attraverso ulteriori trasformazioni, il chakra dei cercoteri può materializzarsi nella carne e nelle ossa dei cercoteri stessi.