I Ninja traditori (抜け忍 Nukenin?) sono degli elementi che hanno tradito il loro villaggio e possono essere di qualsiasi grado. A causa dei segreti che possono portare con loro, sono continuamente braccati dal loro villaggio. Il Villaggio della Nebbia ha una squadra dedicata esclusivamente alla caccia ai Nukenin, gli Oinin. Nella serie sono comparsi diversi Ninja traditori, fra cui Orochimaru, Zabuza Momochi e tutti i membri dell'Organizzazione Alba. Sasuke Uchiha ne diviene uno nel corso della storia.
Alcuni di essi, in particolare i membri dell'Organizzazione Alba, mantengono il coprifronte del villaggio d'origine, ma segnandolo profondamente con un taglio ad indicare come essi non appartengano più a quel villaggio.Ecco l'elenco dei Ninja Traditori:
Organizzazione Alba
| Nome | Origine | Stato | |
| Yahiko | Nagato Uzumaki | Amegakure | Resuscitato |
| Madara Uchiha/Tobi | Konohagakure/Kirigakure | Attivo |