Chakra (チャクラ, chakura) is essentieel voor zelfs de gemakkelijkste technieken; het is een vermenging van de fysieke energie (身体エネルギー, shintai enerugī) aanwezig in elke cel van het lichaam en de spirituele energie (精神エネルギー, seishin enerugī), ook wel mentale energie genoemd. Eens vermengd kan het gekanaliseerd worden door het Chakra netwerk, dat net zoals de bloedsomloop de chakra het lichaam rondstuurt naar de 361 Tenketsu punten in het lichaam. Door een variatie aan methoden, waarvan de gebruikelijkste Handzegels, kan chakra gecontroleerd en gemanipuleerd worden om een effect te creëren dat anders niet mogelijk zou zijn, zoals op het water wandelen, vuur spuwen of illusietechnieken.