Kekkei Genkai (letterlijk:"een techniek beperkt tot de erfenis door bloed")
Zijn speciale vaardigheden die worden doorgegeven aan de kinderen. Dit is enkel in bepaalde clans en als de ouders beide of een ervan deze vaardigheid beschikt. Kekkei Genkai en de bijbehorende jutsu kunnen niet worden geleerd of gekopieerd door anderen, maar het is mogelijk om de Kekkei Genkai te verlenen aan een andere persoon als het gelokaliseerd is in een bepaald orgaan, zoals de ogen, via orgaantransplantatie.
Een Kekkei Genkai moet niet verward worden met een verborgen jutsu. Verborgen jutsus zijn (verborgen ghi :p 4) exclusief voor een bepaalde persoon of clan, maar alleen omdat ze anderen ervan hebben weerhouden om te leren hoe ze deze jutsu uit moeten voeren.