Poszukiwani ninja (抜け忍, nukenin) to ninja, którzy opuścili swoje wioski, często z powodu popełnianych tam przestępstw. Ninja (zwłaszcza ANBU) starają się eliminować poszukiwanych. Organizacja Akatsuki składa się z dziesięciu poszukiwanych ninja, z wyjątkiem Nagato i Konan, którzy są władcami Amegakure. Władca wioski, z której pochodzi nukenin, może złagodzić karę. Najbardziej znanym przykładem jest Sasuke Uchiha, który nie został zaznaczony przez Tsunade (Piątą Hokage) na liście poszukiwanych ninja, których trzeba za wszelką cenę zabić i jest jeszcze szansa, by mógł powrócić jako obywatel Konohagakure. Zgodnie ze słowami Kakashiego Hatake, poszukiwany ninja jest jednak zwykle skazany na śmierć i rzadko zdarza się takie miłosierdzie. Kiedy Sasuke zaatakował Killera Bee, Raikage wymusił na Konohagakure dołączenie Uchihy do listy przestępców skazanych na śmierć.
