Pieczęcie (印) mają ogromne znaczenie tak samo jak czakra. Wszystkie rodzaje walki, genjutsu, ninjutsu, potrzebują tych pieczęci do wykonania jakiejkolwiek techniki, jednak doświadczony shinobi bardzo dobrze obyty w swoich technikach i kontrolowaniu czakry jest w stanie zebrać odpowiednią ilość i rodzaj czakry, wykonując mniej pieczęci lub żadnej, ale są to nieliczni ninja. Dobrym przykładem shinobi, który może używać techniki bez pieczęci jest Kakashi Hatake, który jest tak wprawny w swojej rozpoznawczej technice Raikiri, że potrafi używać jej w każdej sytuacji bez pieczęci. Jedynie w taijutsu tak naprawdę nie są potrzebne, gdyż do walki wręcz nie jest konieczne mieszanie czakry. Głównym zadaniem tych pieczęci nie jest wymawianie słów oznaczających każdy znak, tylko „aktywowanie” techniki i wydobyciu na zewnątrz zebranej energii — czakry. Znaki te związane są ze zwierzętami, które są w orientalnych znakach zodiaku. To właśnie dlatego jest 12 pieczęci podstawowych.
Są też znaki dodatkowe np. zmodyfikowany bawół w Shōsen Jutsu oraz pieczęcie używane tylko w jednej technice lub niewielkiej ich liczbie, np. pieczęć wykorzystywana przy Kage Bunshin no Jutsu.