Missing-nin (抜け 忍, nukenin) - są to ninja, którzy opuścili swoje wioski,często z powodu popełnianych tam przestępstw.Ninja starają się eliminować missing-ninów.
Orochimaru,przykladowy missing-nin
Organizacja Akatsuki składa się z dziesięciu missing-ninów, z wyjątkiem Nagato i Konan, którzy są władcamiAmegakure.Władca danej wioski, z której pochodzi nukenin, może złagodzić karę. Najbardziej znanym przykładem jest Sasuke Uchiha, który nie został zaznaczony przez Tsunade (Piątą Hokage) na liście missing-ninów, których trzeba za wszelką cenę zabić i jest jeszcze szansa mógł powrócić jako obywatel Konohagakure. Jednakże, zgodnie ze słowami Kakashiego Hatake, missing-nin jest zwykle skazany na śmierć i rzadko zdarza się takie miłosierdzie. Kiedy Sasuke zaatakował Killer Bee, Raikage wymusił naKonohagakure dołączenie Uchihy do listy przestępców skazanych na śmierć.Znani Nukenini to: