@Hashiramaia,
Uma pergunta realmente muito boa e difícil de responder. Vou considerar para a minha resposta "filler" como sendo qualquer conteúdo que não tenha sido introduzido no mangá, mas não irei considerar arcos e episódios que servem como uma expansão de conteúdo já introduzido previamente no mangá, como o arco do Kakashi na Anbu ou o Itachi Shinden, por exemplo.
Vou me atentar apenas aos bons, não me interesso por conteúdo ruim.
Indo aos fillers...
Naruto:
Missão de Remoção da Família Kurosuki. Esse bloco de episódios traz uma história interessante, com um ótimo antagonista, Raiga Kurosuki, e uma ação boa, um dos meus favoritos. Inclusive, Raiga fez tanto sucesso que o próprio Kishimoto resolveu "canonizar" ele no mangá futuramente.
Missão de Apoio a Sunagakure. Foi um arco filler razoavelmente bom, meu maior problema com ele é que foi o último arco do clássico. Tem bastante foco no Gaara; o vilão final é um pouco viajado esteticamente falando. No geral, é um arco tranquilo de assistir.
Missão de Investigação no País dos Campos de Arroz. Considero ele o mais fraco dos outros já mencioado, mas ainda assim é entretivo e é excelente para passar o tempo vendo Naruto sem precisar de muita atenção.
Naruto: Shippūden:
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Aparição do Três-Caudas. Temos conteúdo canon no final desse arco, além de ser antagonizado por Guren, uma personagem muito boa que chegou até a aparecer no final do Shippūden se não me engano. Ela tem uma kekkei genkai muito interessante e bonita, diga-se de passagem.