Resposta:
Como demonstrado pelo Kakashi e pelo Yamato durante o treino para fazer o Rasengan de vento, informações de clones são compartilhadas, logo, se o naruto sempre fizesse isso, o que poderia aconteçer:
Um clone faria algo não levando em consideração outro documento, pois outro clone havia visto aquilo
Após o termino, todas as informações dos clones iriam pro real, causando sobrecarga no cerebro do naruto real, causando fortes dores de cabeça, ou até mesmo algo mais grave, não que isso impossibilite de usar 2-3 clones para acelerar o processo.