Apesar das dúvidas de Hiruzen, Danzou convence o Conselho de Konoha, a lado de sua decisão de ter o Uchiha colocado sob vigilância, como eles se tornam os principais suspeitos do ataque da Raposa Demoníaca de Nove-Caudas devido à capacidade ocular do Sharingan. Danzou insiste que a Anbu coloquem o Uchiha sob permanente vigilância. Kakashi que também não concorda com esse tato é atribuído à missão juntamente com o Itachi obediente que comenta que o clã já estava ciente do fato de que eles estavam sob suspeita. Os membros da Polícia Militar da Folha tornam-se cada vez mais beligerantes em suas funções, apesar dos esforços de Fugaku e as queixas dos cidadãos que em breve chegam os ouvidos de seus superiores que parecem determinados a aumentar a pressão sobre o clã contra a vontade do Terceiro. Em outra parte em uma missão, dois membros da equipe Ao de repente caem, segurando suas cabeças. Usando o Byakugan roubado em sua posse dos ninjas de Kirigakure que descobre que aquilo era trabalho de Shisui Uchiha. Relatando no, time de Shisui informa o Conselho do sucesso da missão e em seguida, ele solicita uma audiência privada com Hiruzen onde seu pedido para agir de forma independente para esclarecer a suspeita sobre o Uchiha é concedido. Ele desde então informa Itachi, bem como o fato de que ele foi atribuído a tarefa de espioná-lo desde que ele tinha perdido a confiança de alguns membros do clã. Percebendo que ele não seria capaz de parar o golpe do estado, Shisui compartilha seu plano para usar Kotoamatsukami em Fugaku, a fim de dissuadir o clã de suas ações com Hiruzen e Danzou — o último dos quais é cético que ele vai trabalhar. Em seu último encontro com o jovem Uchiha, Shisui inicialmente frustra a tentativa de Danzou para atacá-lo, mas é pego desprevenido quando ele usa o Izanagi e é capaz de roubar um de seus olhos. Escapando de Danzou e sua Anbu, Shisui se reúne com Itachi e observa que era tarde demais para parar o Uchiha antes de confiar seu olho restante, bem como a tarefa de proteger a vila e o nome do Uchiha. O suicídio de Shisui faz com que Itachi desperte seu Mangekyou Sharingan que ele usa para ler ainda mais da tabuleta de pedra no Santuário Naka. Ao longo do tempo, as coisas se deterionam ainda mais entre o clã e a vila, deixando Itachi a contemplar seu próximo curso de ação para tentar honrar o último desejo de seu amigo.