Quando o clã Uchiha começou a conspirar para assumir o controle de Konoha, Itachi foi encarregado de espionar a liderança de Konoha para os Uchiha. Tendo testemunhado inúmeras mortes em sua infância e sabendo que um golpe de Estado poderia causar mais mortes, Itachi optou por espionar os Uchiha para Konoha. Quando ficou claro que a guerra não poderia ser evitada, Itachi foi condenado a acabar com sua própria família. Escolhendo o menor dos dois males, Itachi procurou a ajuda de Tobi para assassinar os Uchiha, uma oportunidade para ele se vingar dos Uchiha por abandoná-lo décadas antes. Itachi matou o clã inteiro, mas não conseguiu matar Sasuke. Ele pediu para o Hokage manter Sasuke seguro e deu a Sasuke o objetivo de matá-lo para compensar o que ele tinha feito.