Após a Segunda Guerra Mundial Ninja, Jiraiya começou a treinar os Órfãos de Ame. Apesar de ter um treino breve, já que Jiraiya teria que retornar para Konoha, eles tiveram que cuidar-se de si mesmo, e Nagato aprendeu técnicas de seu Rinnegan. Como Nagato tinha os olhos do Eremita dos Seis Caminhos, Jiraiya desejava que Nagato buscasse a paz, para que pudesse unir o mundo, assim como o Eremita havia feito um dia. Com vontade de seguir o desejo de Jiraiya, os Órfãos de Ame aceitam a missão de buscar a paz e crescem com este objetivo.
Observando estas movimentações, Hanzō, o líder de Amegakure, interpretou a organização criada para buscar paz uma extrema ameaça para seu reinado, e opta por sequestrar Konan. Quando encontraram-se, para executar a troca, Hanzō deu apenas duas chances para Yahiko: morrer nas mãos de Nagato ou sacrificar Konan. Sem escolha, Yahiko ordena que Nagato pegue uma kunai e enfie em seu estômago. Inicialmente, Nagato se recusa, mas Yahiko se joga na frente da kunai e suicida-se, confiando à Nagato seus planos de paz.
Vendo-se naquela situação, e com o peso de ter supostamente matado seu companheiro, Nagato conclui que a paz nunca seria alcançada e abandona os objetivos que havia tentado buscar com Jiraiya e Yahiko.