Ele poderia dá blitz no Shisui antes dele ativar a técnica, mas depois que ela fosse ativada provavelmente ele iria cair sim.

Ele não teria nenhuma resistência?

Não, até porque ele provavelmente nem perceberia que está preso dentro do genjutsu.

Mas a resistencia do rinnegan sobre genjutsus oculares, não iria ajudar ?

Creio que depois de ser atingido pelo Kotoamatsukami não faça diferença, além do mais, Rinnegan não tem resistência a genjutsu, mas isso seria desviar do assunto então volto ao que eu falei sobre não fazer diferença depois de ser atingido.

Pensava que o rinnegan tinha uma resistencia natural a genjutsus, e por isso o sasuke conseguiu conter o tsukuyomi infinito, que é bem mais poderoso que o o jutsu do shisui

Normal, maioria pensava assim também. No entanto, o próprio Sasuke afirma que um genjutsu aplicado por um Rinnegan pode ser cancelado por outro do mesmo; desde alguns anos atrás eu sempre comentava que o fato do Sasuke ter bloqueado o Mugen Tsukuyomi era um caso específico.