Dizem que Rinnegan não é imune a genjutsu, pelo fato de cair no genjutsu sonoro... Porém seria possível o genjutsu sonoro bloquear a passagem de CK para os caminhos de Pain é justo por isso eles terem ficado inertes, não pelo fato de que eles caíram em genjutsu mas pelo fato de ter parado o repasse de CK aos receptores. As ondas do genjutsu sonoro acredito que tenha essa capacidade, outra coisa o jutsu de um ninja da vila de Konohagakure invade a mente de um Pain e aquilo com certeza é um genjutsu que ele usa pra torturação, mas Nagato pelo que pode se ver não tenta revidar ele escuta até o final o que o ninja tem a dizer pra depois sair do genjutsu ileso. Na minha humilde opnião eu acredito que mesmo que seja Koto ou qualquer outro que nao tenha relação a laquear a passagem de CK nao pega em um usuário de Rinnegan a menos que ele queira.
Se concordam ou não respondam pfv!