Sasuke Uchiha usando seu kekkei genkai, o Sharingan.
Kekkei genkai (血継限界; Literalmente significa "uma técnica limitada a herança sanguínea" ou "Limite de Linhagem Sanguínea") são habilidades passadas geneticamente em clãs específicos. É possível para um shinobi possuir mais de uma dessas habilidades. Dōjutsu é uma habilidade de kekkei genkai usada pelos olhos, sendo que existem outras usadas através do corpo. Outras kekkei genkai incluem combinar simultaneamente um chakra elementar com outro, criando um tipo novo e único de seus usuários, algo geralmente impossível para shinobi normais.
Kekkei genkai e suas técnicas relacionadas não podem ser ensinadas ou copiadas pelos demais. Porém, algumas podem ser dadas às pessoas, que é o caso dos dōjutsu ou qualquer kekkei genkai isolada num único órgão, pois podem ser transplantados; como por exemplo quando Obito doou seu Sharingan para Kakashi. O uso desses órgãos requer muito mais chakra do que de alguém que nasceu com a kekkei genkai. Elementos do chakra podem ser passados para pessoas fora de clãs, tais como Yamato, que adquiriu o Mokuton por causa da re-modificação de DNA feita por Orochimaru. Porém, a habilidade de Yamato em usá-lo não é nem um pouco poderosa como seu usuário original, Hashirama Senju.
Apesar de kekkei genkai serem geralmente divididas geneticamente dentro de um clã específico, algumas vezes elas podem ser únicas de uma pessoa, e que nem mesmo parentes conseguem obtê-la, como no caso do Mokuton e o Shikotsumyaku. E além disso, outras kekkei genkai manifestam-se em vários indivíduos sem nenhuma relação conhecida: o Yōton apareceu em shinobi das vilas Kirigakure, Iwagakure e Kumogakure; enquanto o Jiton apareceu em shinobi de ambas Kumogakure e Sunagakure.
Existe uma variação avançada da kekkei genkai chamada kekkei tōta.
Lista de Kekkei Genkai
| Nome | Vila(s) | Aparece em |
|---|---|---|
| Bakuton | Iwagakure | Mangá e Anime |
| Byakugan | Konohagakure | Mangá e Anime |
| Enton | Konohagakure | Mangá e Anime |
| Futton | Kirigakure | Mangá e Anime |
| Hyōton | Kirigakure | Mangá e Anime |
| Jiton | Kumogakure Sunagakure |
Mangá e Anime |
| Jinton | Desconhecida | Filme |
| Kekkei Genkai do Clã Kurama | Konohagakure | Anime |
| Kekkei Genkai de Ranmaru | Kirigakure | Anime |
| Kekkei Genkai de Sakon e Ukon | Desconhecida | Mangá e Anime |
| Kōton | Desconhecida | Filme |
| Mangekyō Sharingan | Konohagakure | Mangá e Anime |
| Meiton | Desconhecida | Filme |
| Mokuton | Konohagakure | Mangá e Anime |
| Ranton | Kumogakure | Mangá, Anime e Filme |
| Rinnegan | Desconhecida | Mangá e Anime |
| Shakuton | Sunagakure | Mangá |
| Sharingan | Konohagakure | Mangá e Anime |
| Shikotsumyaku | Kirigakure | Mangá e Anime |
| Shōton | Desconhecida | Anime |
| Yōton | Kirigakure Iwagakure Kumogakure |
Mangá e Anime |