Os líderes da Akatsuki Yahiko e Nagato participam de uma reunião com o líder de Amegakure, Hanzō. Depois de receber uma mensagem de Danzou Shimura que estava sob o nome de código kanzo na época. Durante a reunião, os membros da Akatsuki descobri que a divisão de raiz de Konoha estavam tentando um assassinato os líderes da Akatsuki tentou detê-los, mas foi morto por Obito (que queria Nagato para testemunhar a realidade) e Zetsu. a Raiz e Danzou são revelados ter tramado com Hanzō para acabar com a rebelião da Akatsuki, capturando Konan e Nagato dando um ultimato; a matar Yahiko ou eles vão matar o refém. Escolhendo para ele, Yahiko corre-se em frente a kunai de Nagato e se mata. Enfurecido, Nagato usa o poder de seu Rinnegan para abater os shinobi de Konoha e Amegakure com sua Invocação do Gedō Mazō Hanzō escapa de sua ira. Nagato é finalmente conduzido pelo plano Olho da Lua de Obito. Então, Nagato diz que Yahiko, cujo corpo é agora os seis Caminhos de Pain, sempre será o verdadeiro líder da Akatsuki.