Orochimaru, um nukenin de Konohagakure.
Nukenin (抜け忍, nukenin; Literalmente significa "shinobi fujitivo") são shinobis que deixaram suas aldeias sem a intenção de voltar e que cortaram os laços com a referida aldeia, muitas vezes, porque eles cometeram atos criminosos ou para conseguir outros ganhos pessoais. A aldeia ninja da qual eles são, vai muitas vezes, tentar encontrá-los e eliminá-los. Vários nukenins não pararam de usar seus protetores de testa, enquanto outros podem os ter descartado. Os membros da Akatsuki que ainda usam seus protetores entalharam um longo risco horizontal sobre o símbolo, para mostrar que eles rescindiram suas alianças e rejeitaram suas aldeias. Kirigakure tem uma força-tarefa especial de oinins, cujo único objetivo é matar ninjas traidores. Isto não é feito somente como uma punição pela traição, mas também para proteger os segredos da aldeia, uma vez que é possível aprender algumas das técnicas da aldeia da autópsia de seus usuários.[1] A organização ninja Akatsuki era composta em sua maioria por nukenins Rank-S, exceto por Nagato e Konan, que eram os líderes de Amegakure. A maioria dos nukenins ao longo da série são antagonistas.
Dependendo das decisões do líder da aldeia, pode ser dado clemência ao nukenin em questão. O mais proeminente exemplo é Sasuke Uchiha, que não foi marcado para a morte pelo Quinto Hokage, Tsunade, como um favor a Naruto Uzumaki, e em vez disso é para ser trazido de volta como um cidadão de Konohagakure. No entanto, de acordo com Kakashi Hatake, um nukenin é tipicamente marcado para a morte simplesmente por desertar, e tal misericórdia é rara.[2]
Mais tarde, quando Sasuke se infiltrou em Kumogakure e tentou capturar o jinchūriki deles, Killer B, e depois atacou a Reunião dos Kages, o perdão concedido a ele por Tsunade foi anulado e os Cinco Kages elevaram sua classificação para um criminoso internacional, significando que agora ele é um nukenin procurado em escala global.[3][4][5]
O Bingo Book contém informações sobre todos os nukenins e é dado para todo jōnin e membros da ANBU pelos seus respectivos Kages.