O Santuário de Nagato e Yahiko é situado em Amegakure e serve como local de descanso final para Yahiko e Nagato. Foi criado por Konan, depois de ela ter levado o corpo dos dois de Konohagakure.
O santuário.
Ele consiste em um grande quadrado cheio de flores de papel sobre as quais repousam os corpos dos dois. Na parede atrás dos corpos há um mural de anjos e um par de grandes pilares que ficam na frente do santuário com buquês de flores de papel em cada um deles. Existe também uma ondulação circular padrão no chão entre estes dois pilares, que se assemelha ao Rinnegan. Atrás dos corpos, existe uma parede com pássaros e algumas flores de papel.
Quando Konan se esgota durante sua batalha com Tobi, as flores começaram a desmoronar. Depois de Tobi encontrar o santuário, ele absorveu o corpo de Nagato e o teletransportou para longe, deixando o corpo de Yahiko para trás.