Chūnin (中忍, însemnând „Ninja de mijloc”) sunt ninja care sunt calificați să ghideze alți ninja și să conducă misiuni. Chūninii au atins un nivel înalt de maturitate, conducere și tactică. Geninii care nu au calitățile necesăre să avanseze în grad sunt eliminați în Examenele Chūnin. Câțiva dintre ei, cum ar fi Iruka Umino, Daikoku Funeno și Suzume aleg să lucreze ca instructori la Academie iar alții, cum ar fi Shikamaru Nara, aleg să servească drept lideri ai unor echipe mici, ei trebuie să ia decizii și să utilizeze abilitățile shinobilor pe care îi comandă la maxim. Chūninii sunt trimiși, de obicei, în misiuni de rang C sau rang B.
Pentru a deveni chūnin, un genin participă la Examenele Chūnin. Cei care trec testele și devin chūnini pot purta o vestă de protecție, unde își pot ține pergamente. Vesta nu este obligatorie, iar unii chiar optează pentru haine mai elaborate cum ar fi cape sau robe.