Генин (яп. 下忍, Генин; Буквальное значение: Ниндзя Низкого Уровня) — самый низкий уровень шиноби, присваиваемый после окончания Академии, при котором ещё видна разница в физическом развитии и навыках. Генины распределяются по группам, состоящих из четырёх шиноби — один опытный джоунин и три его ученика. Основываясь на индивидуальных качествах каждого юного ниндзя формирование в группы происходит по принципу уравновешивания сил разных команд. Однако прежде чем взять генина на обучение некоторые джоунины устраивают дополнительное испытание, чтобы проверить готовы ли те стать настоящими ниндзя и работать в команде. (К примеру Какаши Хатаке устроил Наруто, Саске и Сакуре испытание, целью которого было отобрать у него бубенцы, что является трудной задачей для свежеиспечённых выпускников Академии по сравнению с опытным шиноби).
Генины начинают участвовать в миссиях D-ранга, которые большей частью основываются на ручном труде, к примеру сельскохозяйственные работы, и не представляют их жизни никакой опасности. Уже на этом этапе молодые ниндзя начинают вносить лепту в экономику родного селения, получая денежную плату за выполненное задание. Постепенно обучаясь, генинам в составе их команды могут быть доверены миссии C-ранга, в которых может потребоваться использование различных дзюцу.
Спустя некоторое время генины могут принимать участие в экзаменах на получения более высокого звания — чуунин, обладание которым будет свидетельствовать о их возросших способностях. Стоит заметить, что некоторые ниндзя, имеющие звание генин, по тем или иным причинам не стали чуунинами, но их способности достигают даже уровня джоунинов. К примеру, Наруто, неудачно прошедший первый свой экзамен на чуунина, впоследствии ушёл из Конохи с целью обучения у Джирайи, и в результате, оставаясь генином, принял участие в битве с Какузу, а затем уничтожил шесть тел Пейна. Саске же остался генином, потому как покинул Деревню Скрытого Листа и отправился на обучение к Орочимару.