Наруто пытается обратить на себя внимание окружающих, создавая хаос и беспорядки в своём селении. Один из преподавателей Академии Ниндзя, Мизуки, подговаривает его украсть секретный свиток со множеством тайных дзюцу, однако мальчик, поняв, в чём дело, одолевает его, но прежде узнаёт, что внутри него заключён Девятихвостый лис, когда-то разрушивший деревню.
Прихвостни Гато пытаются похитить родственников Тазуны, однако их спасает Наруто. Хаку использует против Саске свой прирожденный дар - умение обращаться со льдом.
Забуза, до глубины души тронутый гибелью Хаку, убивает по настоящему ответственного за это, Гато, но гибнет сам. Оценив вклад в общую победу, жители селения решают назвать мост именем Наруто.
Перед началом экзамена эксцентричный Рок Ли бросает вызов Саске. Бой между ними останавливает сенсей первого, Майто Гай, извечный соперник Какаши Хатаке.
Наруто с волнением дожидается десятого вопроса, способного изменить все итоги экзамена. Даже не разгадав (в отличие от Саске) смысл экзамена, Наруто удаётся пройти дальше.
Ученики, которые прошли первое испытание, начинают готовиться ко второму. Но перед этим Конохомару с своими друзьями - куноичи Моэги и Удоном берет интервью у членов команды № 7 - Наруто Узумаки, Саске Учиха и Сакуры Харуно.
Из-за большого числа прошедших в третий, финальный, тур, его руководитель, Гекко Хаяте, устраивает дополнительное испытание - бой один на один между претендентами. Неожиданно от продолжения борьбы отказывается Кабуто. Саске борется против Ёрой Акадо.
Саске побеждает Ёрой Акадо. После этого Какаси пытается наложить поверх Проклятой печати мальчика свою запечатывающую технику Фуджа Хоуэн (Подавление зла).
Шино побеждает Заку, о детстве последнего показываются воспоминания. Какаши встречает Орочимару, который решает выйти из прикрытия с целью поговорить - и утверждает, что печать Копирующего ниндзя ничем не поможет.
Чоуджи Акимичи проигрывает Досу Кинута. Наруто узнаёт, что к следующей части турнира, которая пройдёт через месяц, его будет тренировать Эбису, сенсей Конохамару.
Хаяте Гекко становится свидетелем переговоров Баки из Селения Песка и Кабуто о будущем вторжении Коноху, но не успев передать информацию другим, погибает от их рук. Джирайя начинает учить Наруто технике призыва.
Наруто и Шикамару решают навестить Рока Ли и в его палате сталкиваются с Гаарой, пытающегося напасть на их друга. Лишь вмешательство Гая позволяет предотвратить трагедию.
Начинается финальное испытание экзаменов для повышении до уровня чуунина. По дороге к арене Наруто встречает Конохамару, который предлагает срезать путь. Проходя через ложные секретные ходы, двое теряются в городе и Наруто опаздывает к началу испытания, рискуя быть дисквалифицированным.
Проиграв, Неджи читает письмо от своего отца и узнает правду о клане Хьюга. В это время все ждут Саске, который всё не появляется. Казекаге убеждает Сарутоби отложить поединок Саске и Гаары. Канкуро отказывается от поединка с Шино и на следующий бой вызывают Шикамару и Темари.
Ниндзя деревень Песка и Звука атакуют деревню Листвы. Гаару уводят, чтобы он смог восстановить свою чакру. Орочимару, всё это время скрывавшийся под личиной Казекаге, нападает на хокаге, Хирузена Сарутоби.
Саске преследует Гаару. Сакура, Шикамару и Наруто отправляются на помощь Саске. Орочимару с помощью запретной техники воскрешает Первого и Второго Хокаге.
Третий Хокаге пытается использовать технику демонической печати, заключающую душу в теле Бога Смерти, против Первого и второго Хокаге и Орочимару. Шино приходит на помощь Саске в борьбе с Канкуро.
Наруто превращается в Девятихвостого, и пытается разбудить Гаару чтобы тот подавил волю Шукаку. Шиноби Конохи атакуют ниндзя селений Песка и Звука. Третий хокаге, ценой своей жизни, накладывает Печать Бога Смерти на руки Орочимару, которые после этого становятся практически недееспособными. Саннину удаётся скрыться.
Итачи Учиха и Кисаме Хошигаки возвращаются в селение Листвы. Куренай и Асума преграждают им путь. Джирайе предлагают должность Хокаге, но он отказывается, полагая, что для этого есть более подходящая кандидатура - Цунаде.
Джирайя вместе с Наруто отправляется на поиски Цунаде. Какаши вступает в схватку с Итачи, однако Учиха использует против него Цукуёми и с помощью иллюзий пытает Копирующего ниндзя. После появления ещё одного джоунина, Майто Гая, члены Акацуки покидают деревню.
Джирайя всеми силами пытается доказать Наруто, что помимо извращенца он еще и великий ниндзя. Саске узнаёт, что Итачи был в деревне и отправляется на его поиски. Итачи и Кисаме обнаруживают Наруто в гостинице.
Саске снова и снова безрезультатно пытается атаковать Итачи, но тот, так же, как и в случае с Какаши, применяет против мальчика технику иллюзий. Появившийся Джирайя заставляет Итачи и Кисаме бежать.
Наруто и Джирайя продолжают поиски Цунаде с удвоенной силой - чтобы она вылечила пострадавших Саске и Какаши и останавливаются около того города, где в это время находилась Цунаде. Саннин начинает обучать Наруто новой технике - Расенгану.
Нашедшие Цунаде и её помощницу Шизуне Кабуто и Орочимару предлагают ей вылечить пострадавшие руки Змеиного Саннина в обмен на оживление им её погибших жениха и брата Дана и Наваки.
Орочимару даёт Цунаде неделю на раздумье. Наруто и Джирайя наконец сами её находят. После того как она нелестно отзывается о звании лидера деревни, Наруто вызывает её на бой.
Наруто с треском проигрывает Цунаде. Они заключают сделку: если Наруто освоит технику Расенгана за неделю, она признает, что он может стать Хокаге. А если нет, она отберет все его деньги. Цунаде ставит на кон своё ожерелье, когда-то принадлежавшее её деду, Первому Хокаге.
Последний день размышлений Цунаде. Она лишает Джирайю силы, напоив его, тем самым не дав ему вмешаться в то, что она задумала. Обессиленный тренировками Наруто, лишённый мощи Джирайя и её помощница Шизуне оправляются остановить Цунаде.
Наруто находится на грани жизни и смерти - Кабуто рассекает его сердце. Способности Цунаде помогают ему восстановиться, пока Джирайя и Орочимару сражались друг с другом.
Джирайя призывает Гамабу́нту, Цунаде - Ка́цую, а Орочимару - Ма́нду - животных, с каждым из которых у них заключён договор. Начинается общая битва Трёх Легендарных Саннинов. Побеждённый Орочимару вынужден сбежать вместе с Кабуто. Цунаде, Шизуне, Джирайя и Наруто отправляются в Коноху.
На обратном пути герои останавливаются в небольшом городке. Наруто узнаёт, что два ниндзя, Сента и Бунзо, не могут вернуться домой до тех пор, пока Цунаде не вернёт все долги семье Акаги, и решается им помочь. Шизуне, опасаясь, что долги Цунаде могут помешать ей стать Хокаге, выдаёт себя за неё чтобы остановить Наруто. Однако оказывается, что Цунаде долг семье Акаги уже вернула.
Конохамару заперся в комнате Третьего Хокаге и не выходит несмотря на все «уговоры» Наруто. Цунаде изучает книги деревни листьев, чтобы увеличить шансы Рок Ли при операции.
Из-за травмы, полученной в Стране Чая, Саске всё ещё находится в больнице. Его раздражает тот факт, что Наруто с каждым днём становится более сильным, а он лежит в своей палате и ничего не может сделать, чтобы приблизиться к своей главной цели — убийству брата. Саске вызывает Наруто на бой, чтобы узнать, кто из них всё-таки сильнее. Они отправляются на крышу больницы. Саске готовится использовать против Наруто Чидори, Наруто готовится использовать Расенган; оказавшаяся рядом Сакура просит мальчиков остановиться.
В бой вмешивается Какаши Хатаке — перенаправляет боевые удары Саске и Наруто в водонапорные башни. Саске понимает, что он слабее, видя урон, нанесённый башне Наруто. Какаши призывает Саске отказаться от мести своему брату. Появляется Четвёрка ниндзя из Деревни Звука, целью которой является доставка Саске к Орочимару.
После короткого боя с Четвёркой Звука Саске принимает их предложение присоединиться к Орочимару, так как считает это единственным путём обретения силы, и решает покинуть Коноху. По дороге ему встречается Сакура, которой не удаётся переубедить его. Саске произносит: «Сакура, спасибо тебе» и покидает деревню, оставляя девушку без сознания на скамейке.
Наутро Сакура приходит в себя. Рок Ли сообщает об успешно проведённой операции. Шикамару собирает команду, включающую Наруто, Нэджи, Чоуджи и Кибу, для преследования Четвёрки Звука и Саске. Сакура просит Наруто вернуть Саске, юноша даёт ей обещание сделать это.
Джиробо, один из Четвёрки Звука, остаётся противостоять команде Шикамару, остальные члены группировки движутся вперёд вместе с находящимся в бочке Саске. Джиробо покрывает команду Шикамару земляным куполом и начинает медленно поглощать их чакру, однако те находят слабое место в куполе и освобождаются.
Пока остальные члены команды Шикамару движутся вперёд, Чоуджи остаётся для борьбы с Джиробо и использует в бою особые цветные таблетки семейства Акимичи. Чоуджи принимает первую таблетку.
Орочимару, чьё состояние после битвы с Третьим Хокаге ухудшается с каждым днём, принимает решение при помощи запрещённой техники переселить свою душу в тело одного из заключённых, несмотря на то что роль «вместилища» души Орочимару изначально предназначалась Саске. Орочимару решает, что переселит свою душу в Саске через 3 года.
Появляется ещё один подчинённый Орочимару, Кимимаро. Киба и Акамару сражаются против Сакона; Шикамару против Таюи, вызвавшей трёх монстров, управляемых звуками её флейты. Наруто преследует Кимимаро, спешащего к Орочимару с бочкой с Саске внутри.
Киба и Акамару сражаются против Сакона, чьё тело всё это время сливалось с телом его брата-близнеца Укона. Укон отделяется от тела Сакона и вселяется в тело Кибы. Чтобы избавиться от него, Киба несколько раз ранит себя, тем самым причиняя боль не только себе, но и врагу.
Укон отделяется от Кибы и снова становится частью Сакона. Киба и Акамару пытаются укрыться от них в лесу. Наруто (против Кимимаро) и Шикамару продолжают свои сражения.
Саске пробуждается, выбирается из бочки и самостоятельно продолжает путь к Орочимару. Внезапно появляется Рок Ли, тем самым позволяя Наруто продолжать преследование Саске. Рок Ли шутливо просит разрешения у Кимимаро принять перед боем лекарство, которое ему выписала Цунаде; противник соглашается. Однако вместо лекарства, как оказалось, Рок Ли взял с собой бутылку саке, который, по наблюдению Майто Гая, делает его неуправляемым. Выпив всю бутыль, Рок Ли начинает использовать т.н. «Стиль Пьяного кулака».
Вставка воспоминаний Саске о дне, когда был почти полностью уничтожен его клан: Итачи использует против младшего брата мангекьё шаринган и говорит ему, что для овладения Мангекьё Шаринганом, высшей формой глаз клана Учиха, тот должен убить лучшего друга.
Саске использует против Наруто Чидори, Наруто использует Расенган. Начинается дождь. Какаши обнаруживает Наруто без сознания и понимает, что бесполезно преследовать Саске, который решил овладеть мангекьё шаринганом не убивая лучшего друга.
Всех пострадавших ниндзя Конохи доставляют в больницу. Саске прибывает в Логово Орочимару. Джирайя сообщает Наруто о желании взять его к себе на обучение.
Джирайя уговаривает Цунаде разрешить Наруто и Сакуре отправится с ним на задание - отыскать логово Орочимару. В первой же попавшейся деревне Джирайя, также известный как Извращённый Отшельник, попадает в передрягу. На Наруто и Сакуру нападает рыжеволосая девушка, но та почти сразу сбегает.
В другом городе на Джирайю нападают её жители, члены клана Фуума, однако тот без проблем их побеждает они признают в ниндзя одного из Легендарных Саннинов. Наруто и Сакура встречают раненой рыжеволосую девушку, которая напала на них ранее, Сасаме, цель которой отыскать своего брата Араши, покинувшего клан Фуума чтобы служить Орочимару. На троицу нападают ниндзя Деревни Звука.
В бой вмешивается Джирайя и ниндзя Деревни Звука отступают. Джирайя, Наруто, Сакура и Сасаме устраивают привал. Сасаме подсыпает в чай троицы из Конохи снотворное, и после того, как они уснули, вызывает ниндзя Звука. Однако это оказывается ловушкой - Джирайя разгадал замыслы Сасаме и спящие оказались лишь теневыми клонами. Один из напавших ниндзя Звука, Кагеро, погибает, двое его товарищей, Джигумо и Камикири, обращаются за помощью к Орочимару, однако тот убивает и их.
Раскаявшаяся Сасаме показывает путь к логову Орочимару. Разделившись, каждый из ниндзя Конохи попадает в ловушку: на Джирайю нападает прелестного вида женщина, Наруто оказывается в яме, наполняющейся водой, а Сакура сталкивается лицом к лицу с Кабуто, приспешником Орочимару.
Сакура сражается с Кабуто, на помощь ей приходит Наруто и помогшая ему Сасаме. Используя нити чакры Кабуто связывает своё сердце с сердцем Наруто: смерть одного означает и смерть другого. Сасаме, владеющая данной техникой, исконно используемой кланом Фуума, помогает разорвать связь. Однако оказывается, что под маской Кабуто скрывается Кагеро, оживлённый Орочимару. Появляется Араши, также жертва запрещённых техник Орочимару, и нападает на Наруто и Сакуру.
Появляется Джирайя и на вызванной им жабе эвакуирует всех из разваливающегося после боя логова Орочимару. Сакура изъявляет желание обучаться у Цунаде и та с радостью её принимает.
Появляются подозрения в связях Мизуки, когда-то заставившего Наруто похитить запретный свиток Конохи, и Орочимару. Для допроса в тюрьму отправляются Асума и Куренай, однако там происходит бунт и все заключённые сбегают. Среди сбежавших сам Мизуки и двое легендарных глупцов необъятных размеров Фуджин и Райджин, готовых сделать что угодно за порцию еды.
Мизуки нападает на Команду Шизуне. Тонтон, ручная свинка Шизуне, предупреждает об этом Цунаде. На место событий отправляется Наруто, следом за ним Ирука. Мизуки, Фуджин и Райджин нападают на них.
Мизуки уводит Ируку всё дальше в лес. Наруто испытывает трудности с Фуджином и Райджином, любая его атака на них неэффективна, на помощь приходят Шикамару, Ино и Чоуджи.
Вставка воспоминаний Мизуки о том, как во время одной из миссий он убил раненого члена своей Команды. Ино, Шикамару, Чоуджи используя командную тактику, успешно сдерживают братьев-преступников. Мизуки заманивает Ируку в старое здание, Наруто их преследует и видит как здание взрывается.
Ирука выбирается из обломков здания. К ним с Наруто присоединяется невеста Мизуки, Цубаки, которая хочет остановить его. Вставка воспоминаний Мизуки о том, как после убийства им члена Команды с ним связался Орочимару и передал состав зелья, действие которого сродни силы Проклятой Метки. Мизуки изготовляет зелье и выпивает его. Цунаде сообщают, что все заключённые кроме Мизуки, Фуджина и Райджина уже пойманы.
Наруто, Ирука и Цубаки сражаются против ставшего намного сильнее Мизуки. Цунаде останавливает Фуджина и Райджина, те возвращаются в тюрьму. Наруто использует против Мизуки Расенган. Действие зелья заканчивается, после чего тело Мизуки сильно обезображивается; рецепт, как оказалось, был неполноценным, а Мизуки - один из экспериментов Орочимару.
Шино Абураме заявляет, что существует редкое насекомое Бикочу, которое по запаху человека может определить его местонахождение, что должно помочь в поисках Саске. В связи с травмами Куренай, Цунаде назначает Шино временным капитаном команды №8 и разрешает им вместе с Наруто отправиться на поиски Бикочу.
Члены команды №8, в отличие от Наруто, замечают, что их преследуют. Наруто несколько раз ловит насекомых лишь похожих на Бикочу, однако ему улыбается удача. Бикочу пойман. Преследователи похищают Хинату и предлагают обменять её на Бикочу.
Преследователями оказываются члены клана, соперничающего с кланом Абураме, и которым также нужен Бикочу. Насекомые Шино защищают его, Наруто и Кибу от атак противника, однако троица всё равно попадает в ловушку.
Серия начинается с кадров похоронной процессии. Наруто находит троих человек без сознания на берегу реки, выясняется, что они сбежали из деревни Катабаме Кинзан, захваченной несколькими месяцами ранее безжалостными членами семьи Куросуки. Неджи, назначенный на эту миссию главным, Тен-Тен, Рок Ли и Наруто отправляются в путь. По дороге они останавливаются у знакомой Року Ли бабушке Саншо, знаменитой своим острым «живительным» карри, который отчего-то чёрного цвета.
Куросуки объявляют о похоронах вернувшегося в деревню Рокуске, однако в дело вмешивается команда Неджи и они спасают заживо похороненного человека буквально из гроба. Среди одного из Куросуки Рок Ли узнаёт своего друга Караши. Внезапно на кладбище спускается густой туман.
Из-за плотности тумана Неджи теряет возможность использовать бьякуган. Несмотря на это синоби Конохи побеждают напавшего, Райгу, одного из Семерки Мечников Тумана, таких как Забуза и Кисаме. Они раскрывают мешок, который Райга всё время носил на спине и обнаруживают там мальчика Ранмару. Ранмару рассказывает, как однажды Райга спас его от неминуемой смерти, взамен чего мальчик, благодаря своим способностям, стал его глазами.
Оставшиеся члены Куросуки устраивают засаду для команды Неджи, однако шиноби без труда их одолевают. Караши, Ранмару и команда Неджи возвращаются к бабушке Саншо, однако ночью Караши относит Ранмару к телу едва живого Райги. Надвигается сильная буря.
Ранмару, используя последние силы, возвращает Райгу к жизни. Свидетельницей этого становится Тен-Тен и она начинает сражение; в это время подлый Караши бежит предупредить других шиноби Конохи о якобы сорвавшейся с обрыва Тен-Тен, тем самым устраивая для них ловушку. Меж тем отступившая Тен-Тен относит ослабленного Ранмару в домик Саншо. Караши кормит мальчика «живительным» карри. Рок Ли, Наруто и Неджи вступают в новый бой с Райгой. Начинается буря.
На место битвы прибывает Саншо с порцией своего «живительного» карри, при приготовлении которого Караши случайно добавляет в блюдо вино. Рок Ли съедает почти всю кастрюлю и начинает использовать то, что Гай описал как «стиль Пьяного Кулака». В итоге синоби Конохи побеждают Райгу, а Ранмару и Караши остаются помогать бабушке Саншо.
Большинство генинов (все члены команд 7,8,9,10 за исключением Сакуры, а также уже ставшего чуунином Шикамару и ушедшего к Орочимару Саске) Конохи получают задание стать во главе трёх учеников Академии ниндзя на их испытании по выживанию. Наруто достаётся Конохамару и двое его друзей, Удон и Моэги. Навыки выживания и навигации Наруто оставляют желать лучшего, из-за чего группа заблудилась в лесу и чуть не погибла.
Наруто, Хината и Киба получают задание поймать и обезвредить вора Госункуги. Однако выясняется, что за ним охотятся и другие ниндзя, среди которых Сазанами, охотник за головами.
Хината по шраму узнаёт, что Сазанами тоже является разыскиваемым преступником. Сазанами заявляет, что невиновен, и преступление, в котором его обвиняют, совершил Госункуги. Троица помогает Сазанами восстановить доброе имя.
Неджи, назначенный капитаном на время миссии, Наруто и Тен-Тен отправляются в Страну Птиц чтобы расследовать сообщения о появлении там призрака - Белого Нороимуши. Они узнают, что даймё умер, и вместо него феодалом стал Саги, чья сестра Токи погибла. Подозревают, что к Белому Нороимуши имеет отношение Коумей, бывший стратег феодала, противившийся вступлению Саги в должность из-за его молодости. Стоило прибыть троице в Страну Птицы, как появился Нороимуши, однако когда ниндзя атакуют его кунаями, доспехи призрака разваливаются и обнаруживается, что внутри них никого нет.
Троицу из Конохи принимает у себя Лорд Мозо, чиновник. На Саги нападают, но ниндзя Конохи спасают его. Команда Неджи следит за Коумеем и обнаруживается, что тот ночью встретился с Нороимуши. Коумея арестовывают.
Мозо объявляет, что миссия синоби закончилась, однако Наруто настроен скептически - он исследует место боя с Нороимуши и находит тайный проход к дому Мозо. Наруто схватывают и помещают в темницу. К нему в камеру проникает Нороимуши, однако оказывается, что под его маской скрывается Саги. К Неджи и Тен-Тен, также продолжающих расследование, присоединяется посланный Цунаде Какаши.
Какаши побеждает своего противника. Выясняется, что Саги - это переодетая Токи - настоящий Саги погиб, а под личиной Мозо скрывается другой копирующий ниндзя - Хоку. Хоку нападает на команду Неджи.
Анко Митараши отправляется вместе с Наруто, Шино и Ино в Страну Моря чтобы проверить сообщения о появлении там монстра Каймы. Анко вспоминает, как когда-то была в этих местах вместе с её учителем, Орочимару. В порту группа видит как Ёрои Акадо и Мисуми Цуруги, ранее принимавшими участие в экзаменах на тюнина, нападают на девушку, однако, завидев других синоби, отступают. Во время плавания на лодке к одному из островов, на Команду Анко нападают, в результате чего Наруто оказывается под водой, но его спасает та самая девушка.
В одном из укрытий Орочимару (в присутствии Саске) встречается с Амачи, под чьим руководством проводятся эксперименты над людьми. Наруто приходит в себя в хижине девушки, представившейся как Исариби. Узумаки становится свидетелем того, как её закидывают камнями проходящие мимо мальчишки, он их сразу прогоняет. Остальные члены команды Анко знакомятся с планами, какие суда они должны защитить от Каймы. Наруто находит свою команду, проследившую за той загадочной девушкой и понимает, что Исариби и есть Кайма. Появившийся Ёрои позволяет Исариби сбежать, Анко пытается их преследовать, но падает от боли из-за Проклятой печати.
Анко вспоминает, что, возможно, видела эту девушку среди подопытных раньше, когда училась у Орочимару. Команда отправляется на остров, где Орочимару раньше проводил опыты и в тайном убежище встречается лицом к лицу с Исариби и Амачи. Ёрои и Мисуми разрушают убежище.
Благодаря призыву Анко гигантской змеи, команде в последний момент удаётся выбраться из убежища. Исариби под руководством Амачи нападает на торговые суда. Амачи, также как и девушка, принимает форму морского чудища, после чего призывает Морского Босса, гигантское водяное существо, которое берет Наруто в плен, но Наруто благодаря чакре Девятихвостого лиса освобождается и продолжает сражение. А Исариби узнает от Анко, что в Наруто заключен Девятихвостый лис и что к нему долгое время в деревне относились как к чудовищу.
Наруто получает задание сопровождать избалованного богатством ребёнка Кунихису, считающего, что за деньги можно всё купить, и показать ему типичный день ниндзя.
Наруто, Хината и Киба получают задание отыскать клад. Однако они попадают в засаду, и трое человек перенимают их облик и запах, чтобы таким образом проникнуть в Коноху.
Наруто, Киба и раненая Хината освобождаются из ловушки и отправляются в город, где уже успели начудить их клоны. Впоследствии выясняется, что это всего лишь проверка способностей троих ниндзя.
Наруто, Рок Ли, Неджи и Тен-Тен отправляются на миссию по защите звезды, главной ценности Деревни Скрытой Звезды. По пути они встречают Сумару, с помощью чакры странного пурпурного цвета, помогшего им избежать попадания в ядовитый газ, окружающий со всех сторон селение. Генины Конохи встречаются с неофициальным лидером Деревни Звезды, Хошикаге - Акахоши, который высказывает им своё желание, чтобы Деревня Звезды заняла место в числе пяти крупнейших селений ниндзя. Сумару и Наруто становятся свидетелями похищения звезды, и, судя по специфической пурпурной чакре, понимают, что похитивший её - также из этой Деревни.
Наруто узнаёт, что родители Сумару погибли, защищая звезду от чужеземных ниндзя. Рок Ли и Тентен пытаются проследить за двумя подручными Акахоши, однако теряют их след. Ниндзя, похожий на ранее укравшего звезду, похищает Сумару.
Выясняется, что тренировки со звездой были очень опасны для ниндзя, и из-за этого предыдущий, Третий Хошикаге, запретил их. Рок Ли и Тентен проникают в жилище Акахоши и, обнаружив там Сумару, спасают его. Акахоши предлагает Нацухи, похитившей звезду, Сумару в обмен на звезду. Между ними завязывается бой; прибывшие Наруто и Неджи вмешиваются, однако Акахоши сталкивает Нацухи и Наруто в ядовитый газ.
Нацухи спасает Наруто и выясняется, что она - мать Сумару. Нацухи рассказывает Узумаки историю её и мужа взаимоотношений с предыдущим и нынешним Хошикаге. Как оказывается Акахоши убил предыдущего лидера Деревни Звезды. Акахоши выслеживает Нацухи.
Акахоши берёт Сумару в заложники и заставляет Нацухи отдать ему звезду, после чего официально объявляет себя новым, Четвёртым Хошикаге и отдаёт приказ убить ниндзя Конохи и Сумару.
Наруто находит в лесу мифическое животное под названием Омбаа, которое мешает ему жить, не желая слазить с его спины. Но главная проблема ещё впереди, ведь, согласно книгам Цунаде, все виды Омбаа после созревания вырастают до трёх метров и становятся агрессивными. Деревня в опасности.
Шино и Наруто получают задание быть представителями одного из членов семьи Кагецу, который, согласно странному завещанию своего отца, получит всё наследство только при одном условии — если тот не засмеётся на похоронах.
Наруто, Хината и Чоуджи отправляются в маленькую Страну Нано для защиты её жителей. По пути им встречается группа бродячих торговцев, за которыми охотятся три ниндзя. Тем временем в Стране Нано происходит переворот.
Ниндзя Конохи узнают что в числе бродячих торговцев скрывается единственная дочь правителя Страны Нано - Харуна, она и есть настоящая цель преследователей.
Наруто побеждает третьего ниндзя-преступника; прибывает подкрепление в лице Шизуне, Шикамару и других ниндзя Конохи, посланных по приказу Цунаде из-за переворота. Харуна становится правителем Нано.
Из дома главного плотника Конохи похищены чертежи зданий, единственное объяснение — на деревню готовится атака. Вор взрывает себя в лесу, заявляя, что чертежи спрятаны. Цунаде создаёт команду под руководством Шикамару для их поиска.
АНБУ допрашивает Наруто в связи с тем, что он был знаком с подозреваемым в краже — Генно. Похищенные чертежи при странных обстоятельствах обнаруживаются в Конохе.
Выясняется, что человек, взорвавший себя в лесу, — не Генно; на месте взрыва обнаруживают тоннель. Неджи и Хината при помощи техники бьякугана находят сеть взрывных печатей, установленных по всей деревне.
Специальный выпуск с повтором сцен из лучших на данный момент боёв по итогам зрительского голосования — Наруто против Саске (две битвы — на крыше больницы и у статуй двух основателей Конохи), Чоуджи против Джиробо, Киба и Акамару против Укона и Сакона, Неджи против Кидомару.
В поместье для подмоги добирается команда под руководством Гая. Оказывается, что за Якумо охотятся члены её же клана, а её учителем является назначенная ещё Третьим Хокаге Куренай.
Наруто, Сакура и Рок Ли берутся за новое задание — сопровождение опасного преступника Гантецу из банды «Шинобазу». Приспешники Гантецу нападают на корабль, перевозящий его; при помощи различных техник разделяют корабль на две части — одна вместе с Сакурой, Рок Ли и основным экипажем — продолжает плавание по реке, вторая часть судна вместе с Наруто, Гантецу и капитаном команды охраны, Тодороки, — по её притоку.
Вторая часть судна разбивается при падении с водопада, экипаж из первой части направляется к месту крушения. Наруто, Гантецу и Тодороки углубляются в лес, который является пристанищем «Шинобазу».
Тодороки рассказывает, как пятью годами ранее видел Гантецу в горящем доме его родителей, держащим в руках его младшего брата Акио. Тодороки хочет убить Гантецу ради мести, но Наруто останавливает его. Сакура и Рок Ли встречают в лесу группу детей, вооружённых копьями и мечами, которых, как оказалось, спас Гантецу от кровожадных членов «Шинобазу»; в это время один из членов группировки устраивает ловушку для Наруто и Тодороки, а самого Гантецу похищает, но на его пути встают Сакура, Рок Ли и дети.
Наруто находит на берегу реки человека без сознания, у которого с собой была только флейта; в больнице устанавливают, что у него амнезия. Наруто называет его Менмой. Ночью в медучреждение ударяет молния, и начинается пожар, Менма спасает ребёнка.
Наруто, Неджи и Тен-Тен сопровождают Менму в Страну Рисовых Полей, где, как предполагается, он ранее жил. По дороге они обнаруживают сожжённую дотла деревню, жители которой рассказывают о нападавших и узнают в одном из них Менму.
Темари оповещает Коноху о том, что в Деревне Песка также сформирована своя школа ниндзя: инструкторами в ней являются сама Темари, Канкуро и Гаара. Группа четырёх ниндзя, называющих себя «Шитеншоунин», бросают вызов Гааре и похищают его ученицу, Мацури. Цель группировки — Шукаку, однохвостый биджу, живущий в Гааре. Деревня Песка просит помощи у Конохи; Шикамару собирает команду, включающую Наруто, Кибу, Чоуджи, Ино и Рок Ли, параллельно с ними отправляются в путь Шино, Сакура, Неджи и Хината.
Четвёртый член «Шитэншоунин» пробуждает основателя деревни Такуми, родины «Шитэншоунин» — Сеймея, Совершенного Оружия, чья мечта — победа над Пятью Великими Селениями Ниндзя. Шукаку начинает пробуждаться.
На место боя прибывает команда Шикамару. Гаара силой воли подавляет Шукаку и побеждает Сеймея. Возвращается Джирайя для того, чтобы тренировать Наруто.
Во вступлении, которое показывает события 52 серии, показано разрушенное убежище Орочимару, в котором находятся Саске и Команда Какаши: Наруто, Сакура и её новый член — Сай. Наруто говорит с Саске о прошлом, о Долине Завершения, и понимает, что лучший друг уже не тот. Более того, Саске демонстрирует Узумаки свои способности, заглянув во внутренний мир Наруто и увидев там Девятихвостого Лиса. Реальная же история сериала начинается с возвращения Наруто и Джирайи в Коноху. Зрителям вновь представляют некоторых персонажей аниме, таких как Сакура, Конохамару, Шикамару, Темари и Какаши.
Цунаде хочет посмотреть на прогресс Наруто после двух лет тренировок. Для их проверки Какаши ставит перед ними ту же цель, что и несколько лет назад — отобрать у него колокольчики.
Члены Акацуки Дейдара и Сасори начинают атаку на Деревню Песка с целью похитить Казекаге Гаару. Дейдара атакует с воздуха, используя созданных им взрывающихся глиняных животных.
Цунаде объявляет о создании команды Какаши — теперь Наруто и Сакура не ученики, а равноправные с Какаши ниндзя. Джирайя снова отправляется собирать информацию об Акацуки. Гаара отрывает левую руку врага, Дейдара, в свою очередь, производит мощный взрыв в Деревне Песка.
Гаара создаёт огромный песчаный щит для защиты Деревни Песка от разрушений, Дейдара пользуется моментом, чтобы атаковать Казэкаге. Ослабленный Гаара попадает в руки Акацуки.
Канкуро сражается с Сасори, который, как оказывается, и есть создатель кукол Карасу, Куроари и Саншо, которых в бою использует брат Гаары. Команда Какаши отправляется на помощь.
Команда преследования Деревни Песка находит Канкуро в пустыне без сознания. Команда Какаши по пути встречает Темари. Один из джоунинов Деревни Песка, Баки, обращается за помощью к бабушке Сасори — Чиё и её брату Эбизо.
На помощь Команде Какаши, которая в данный момент пережидает бурю в пустыне, в Деревню Песка отправляется Команда Гая: Рок Ли, Тен-Тен и Неджи. Члены Акацуки проводят ритуал над телом Гаары с целью извлечения живущего в нём монстра Шукаку.
Команда Какаши прибывает в Деревню Песка. Сакура излечивает отравленного Канкуро. Какаши рассказывает о своём отце, получившем прозвище «Белый Клык Конохи». Вызванные им же собаки пытаются отыскать по запаху Дейдару и Сасори.
Команда Какаши и Чиё отправляются в выслеженное собаками логово Акацуки. По дороге Чиё рассказывает о существовании девяти биджу — легендарных хвостатых существ (к примеру, Девятихвостый биджу в Наруто, Однохвостый биджу в Гааре). Паккун (пёс Какаши) предупреждает Команду Гая; они также направляются к логову Акацуки, но на них нападает Кисаме, член организации. На пути Команды Какаси встаёт Итачи Учиха.
Чтобы противостоять врагу, Гай открывает Шестые Врата. Неджи освобождает своих сокомандников от действия клонов Кисаме. Наруто вспоминает урок Джирайи о том, как противостоять гендзюцу Итачи Учихи.
Гай побеждает Кисаме. Наруто вспоминает урок Джирайи по усовершенствованию Расенгана; он применяет гигантскую версию этой техники против Итачи Учихи. Впоследствии выясняется, что побеждённые Кисаме и Итачи — это не настоящие члены Акацуки, а лишь их марионетки.
Чиё рассказывает о джинчуурики — людях, внутри которых запечатаны биджу; также она посылает письмо в Деревню Песка с сообщением, что Юра, ответственный ранее за безопасность Деревни, оказался предателем, и его тело было использовано членами Акацуки. Отряд Темари добирается до границ, которые по приказу Совета Деревни Песка они должны охранять.
Члены объединённой команды понимают, что преодолеть препятствие на входе в логово Акацуки они смогут, если одновременно снимут 5 наложенных печатей в радиусе 1 км. Благодаря рациям Гая это становится возможным.
Команда Какаши проникает внутрь Логова Акацуки, начинается битва. На Команду Гая, рассредоточенную для снятия печатей, нападают монстры, принявшие их облик и перенявшие их техники. Дейдара уносит тело Гаары на созданной им птице, его преследуют Наруто и Какаши; для битвы с Сасори остаются Сакура и Чиё.
Вернувшийся в Деревню Песка отряд Темари и Канкуро направляются к Логову Акацуки. Сакура и Чиё видят истинное лицо Сасори — оно ничуть не изменилось за 20 лет, что очень их удивляет. Сасори вызывает куклу, сделанную из Третьего Казекаге, чьё исчезновение до этого момента оставалось загадкой для всей Деревни Песка.
В результате борьбы Сакуры и Сасори свод пещеры, в которой находится логово Акацуки, обрушивается. Мощный звук слышат все герои. В результате нового нападения Сасори в тело Сакуры попадает яд, она падает на землю; Сасори, думая что яд парализовал девушку, подпускает куклу Третьего Казекаге слишком близко к Сакуре, и она уничтожает марионетку.
Выясняется, что Сакура приняла противоядие, которое ранее сделала для Канкуро и которое действует только в течение 3-х минут после попадания в организм. Дейдара производит мощную атаку преследующего его Какаши с помощью глиняных взрывающихся насекомых; цель Дейдары — сразиться с Наруто один на один. Какаши, используя теневого клона, отражает атаку. Секрет молодого лица Сасори раскрывается — он сделал куклу из самого себя.
Сакура думает, что уничтожила Сасори, однако его состоящее из множества частей кукольное тело восстанавливается. Для продолжения борьбы Чиё призывает 10 кукол, Сасори в ответ — 100.
Сильно раненая Сакура и отравленная попавшим в её организм ядом Чиё из последних сил, используя куклы родителей Сасори, уничтожают врага. Перед смертью Сасори сообщает Сакуре о том, где через 10 дней должна была состояться его встреча со шпионом, подосланным к Орочимару, — на мосту Небес и Земли в Скрытой Деревне Травы.
Какаши использует мангекьё шаринган против Дейдары, который в результате атаки лишается второй руки. Наруто уничтожает птицу, на которой летел Дейдара, в её клюве находят тело Гаары.
В Наруто снова просыпается Девятихвостый, чакра юноши принимает форму Лиса, образуя т. н. «покров Лиса». Для предотвращения опасного развития событий Какаши накладывает на Наруто печать, ранее переданную ему Джирайей. К Наруто и Какаши поспевают Сакура и Чиё. Дейдара сталкивается лицом к лицу с Командой Гая и взрывает себя; впоследствии оказывается, что это была лишь его копия-камикадзе.
Команды Гая и Какаши прибывают в Коноху. Ослабленный использованием мангэкё сярингана Какаши отправляется в больницу. Сакура сообщает Цунаде о поведанном ей Сасори будущем расположении шпиона Орочимару. Наруто занят поиском новых членов команды из-за отсутствия Саске и выбывшего на некоторое время из строя Какаши, и впервые со времени своего возвращения встречает Шино, Кибу, сильно выросшего Акамару и Хинату. На Наруто нападает ниндзя, владеющий Техникой Рисованных Зверей.
Старейшины Конохи выступают против участия Наруто в крупных миссиях и даже хотят чтобы он никогда не покидал деревню; они, тем самым, пытаются оградить юношу от Акацуки. Цунаде формирует новую команду: Наруто, Сакура, член АНБУ, Ямато, временно исполняющий обязанности Какаши, и ранее напавший на Наруто ниндзя, Сай, назначенный в команду Данзо, руководителем запрещённой организации «Корень АНБУ».
По пути на миссию Наруто повторно высказывает претензии к Саю, которого он невзлюбил «с первого взгляда». Обстановка в команде заметно напряжена. Команда Ямато останавливается на горячих источниках.
Ямато преображается в Сасори в виде его куклы Хируко; Наруто, Сакура и Сай ожидают в засаде. Шпионом Сасори оказывается Кабуто. Но, как выясняется, когда-то завербованный Акацуки он был перевербован и уже давно по собственной воле служит также появившемуся Орочимару.
После едких слов Орочимару в Наруто снова пробуждается Девятихвостый. Количество хвостов покрова Лиса достигает трёх — максимальное количество, при котором Наруто ещё может контролировать его силу.
Сакура вспоминает о том, как Наруто обещал во что бы то ни стало вернуть Саске и хочет остановить его, чтобы тот полностью не превратился в Лиса, однако Наруто-Лис ранит её. Кабуто неожиданно оказывает помощь Сакуре, после чего временно отступает, в то время как Ямато блокирует следующее нападение Наруто-Лиса и начинает наложение новой печати для подавления силы Лиса. К оставшемуся в лесу Орочимару подходит Сай и говорит, что у него есть послание от Данзо, главы Корня АНБУ.
Наруто снова принимает человеческий облик. Сай передаёт Орочимару послание Данзо, после чего Орочимару говорит появившемуся Кабуто, что Сай теперь в их команде. Преследование Орочимару и Сая продолжает древесный клон Ямато. Сакура и Ямато делают предположение, что Сай, под руководством Данзо, мог использовать миссию команды Ямато чтобы ближе подобраться к Орочимару.
Высказывается предположение, что Данзо хочет устроить переворот в Конохе с целью захвата власти. Наруто практически ничего не помнит о произошедшем. Клон Ямато обнаруживает поддельный труп Сая.
Ямато рассказывает Наруто, что именно он разрушил мост и нанёс травму Сакуре. Орочимару, Кабуто и Сай добираются до убежища. Древесный клон сообщает Ямато о местонахождении пристанища.
В логове Сай знакомится с Саске. Среди документов, переданных Орочимару от Данзо, оказываются личные дела членов АНБУ. Ямато, Наруто и Сакура проникают в убежище.
Команда связывает Сая и вытаскивает его на поверхность, но на них нападает Кабуто. Кабуто освобождает Сая, однако, неожиданно для всех, Сай нападает на Кабуто и связывает его. Снова проникшая в логово Саннина команда Ямато разделяется на две пары.
Орочимару нападает на Наруто и Сая. Наруто настаивает на том, чтобы Сай продолжал поиски Саске. К Наруто присоединяются Ямато и Сакура. Орочимару отступает. Ямато обнаруживает книгу убийств Сая — книгу, в которой записаны имена тех, кого ниндзя должен убить; на одной из её страниц — Саске.
Сай, решив не выполнять миссию по убийству Учихи, хочет лишь вернуть его в Коноху, сохранив узы дружбы между Саске и Наруто, подбирается ко спящему Саске и рисует змей, чтобы связать его, не убивая. Рисованные змеи Сая нападают на Саске, в ответ лишь притворявшийся спящим Учиха производит мощный взрыв. До места действий добираются Сакура, Наруто и Ямато.
Саске пытается убить Наруто, но вмешивается Сай. Саске использует Чидори Нагаши, после чего ранит Ямато. Древесный клон исчезает, и Кабуто, которого он сторожил, освобождается. Саске, используя шаринган, проникает в душу Наруто и видит там Девятихвостого, силу которого свободно подавляет.
Саске пытается нанести финальный удар Кирин по оглушённым после Нагаши друзьям, однако его останавливает Орочимару под предлогом, что шиноби Конохи ещё могут им послужить — убить членов Акацуки. Команда Ямато возвращается в деревню и докладывает о произошедшем Цунаде.
