Альянс Шінобі - найбільша організація шінобі всіх часів
Шінобі (忍) або ж ніндзя (іноді нінджя) (忍者) – це основна військова сила у світі «Наруто». Шінобі жіночої статі називають куноїчі (くノ一). Більшість з них походять з прихованих селищ, деякі з них - зі спеціалізованих кланів ніндзя, і виконують місії за певну винагороду. Ці місії можуть включати в себе: виконання ручної роботи, роботу в якості ескорту, збір секретної інформації, повернення вкрадених речей, виконання вбивств тощо. Під час війни ніндзя об'єднуються, щоб захистити свої селища і землю. Найяскравішою характеристикою шінобі є їхня здатність маніпулювати чакрою для створення та використання технік. Очікується, що шінобі будуть віддані своїм селищам на все життя, а будь-які перебіжчики вважатимуться Нукенінами і отримають свій останній вирок - смерть.